李建成虽不甘心，却也不敢违抗圣旨，只能冷哼一声，下令让开道路：“既然父皇有旨，我便让你入城。但你记住，若敢在城内有任何异动，我定不饶你！”
李世民不再理会他，翻身下马，交给护卫缰绳，只带了长孙无忌一人，跟着内侍向皇宫走去。
太极殿内，李渊端坐龙椅之上，脸色依旧阴沉。李世民刚踏入殿门，便“噗通”一声跪倒在地，膝行几步，泣声道：“父皇！儿臣恳请父皇为刘公主持公道！刘公忠心耿耿，为大唐立下汗马功劳，绝不可能谋反！裴寂与赵文恪勾结，伪造证据，陷害忠良，儿臣恳请父皇彻查此案，还刘公清白，严惩奸佞！”
李渊看着他声泪俱下的模样，心中的怒火稍减，却依旧冷声道：“证据确凿，证人证言俱在，刘文静谋反已是事实，你为何还要为他辩解？更何况，你竟敢带重兵回京，莫非是想逼朕不成？”
“儿臣不敢！”李世民连忙叩首，“儿臣带重兵前来，只是为了防备沿途乱匪，并非要逼父皇。父皇若是不信，可以派人去华州查验，儿臣的军队并未越雷池一步。至于刘公的案子，赵文恪因贪赃被刘公弹劾，怀恨在心，其证词本就不可信；那两个所谓的刘府旧仆，早已被刘公赶出府去，定是被裴寂收买作伪证。儿臣恳请父皇派人重新核查，传召刘府其他仆人作证，定能查明真相。”
此时，萧瑀上前一步，躬身道：“陛下，二公子所言极是。刘文静自太原起兵以来，始终忠心不二，若真有谋反之心，早在平定关中时便有机会，何必等到今日？裴寂与刘文静素有嫌隙，此次之事，恐有私心。不如陛下下令重审此案，若查明刘文静确是蒙冤，也好平息天下百姓的非议；若是真有反心，再治罪也不迟。”
其他几位官员也纷纷上前劝谏，恳请李渊重审此案。李渊看着群臣的态度，又想起刘文静往日的功绩，心中的疑虑愈发加深。他沉默片刻，道：“好吧，朕便下令重审此案，命萧瑀为审案官，负责核查证据，传召相关人等作证。李世民，你暂且返回秦王府等候消息，没有朕的旨意，不得擅自离开长安。”
“谢父皇！”李世民心中一喜，连忙叩首谢恩，起身跟着内侍前往秦王府。
裴寂得知李渊要重审此案，心中大惊，连忙私下找到李建成，焦急地说：“太子殿下，若是萧瑀重审此案，我们伪造的证据恐怕会被揭穿，到时候我们不仅会身败名裂，还会被陛下治罪！这可怎么办？”
李建成也慌了神，来回踱步道：“那现在该如何是好？证据都已经呈给父皇了，若是改口，只会更加可疑。”
裴寂沉吟片刻，眼中闪过一丝狠厉：“事到如今，只能一不做二不休。我们暗中派人将赵文恪与那两个作伪证的旧仆灭口，再销毁所有伪造证据的痕迹，到时候死无对证，萧瑀就算想查，也查不出什么头绪。另外，我们再派人去秦王府附近监视李世民，若是他有异动，立刻向陛下禀报，说他暗中联络旧部，意图谋反。”
“好！就按此计行事！”李建成咬了咬牙，下定决心。
当晚，裴寂便派亲信潜入赵文恪的住处，将其灭口，又派人去追杀那两个旧仆。可没想到，其中一个旧仆早已被萧瑀派人保护起来——萧瑀深知裴寂心狠手辣，料到他会杀人灭口，提前便安排了人手，将两个旧仆带到了安全之地。
第二日，萧瑀升堂审案，传召旧仆上堂作证。当那个被保护起来的旧仆说出自己是被裴寂许以重金收买，作伪证陷害刘文静的真相时，满堂哗然。萧瑀又呈上裴寂派人追杀旧仆的人证物证，以及赵文恪贪赃枉法的案卷，所有证据都指向裴寂陷害刘文静。
萧瑀将审案结果呈给李渊，李渊看着证据，气得浑身发抖，厉声骂道：“裴寂！朕待你不薄，你竟敢如此欺瞒朕，陷害忠良！传朕旨意，将裴寂拿下，打入天牢，彻查其家产，从严治罪！”
禁军立刻前往裴府，将裴寂抓获。裴寂虽百般狡辩，却在铁证面前无从抵赖，只能束手就擒。李建成得知裴寂被抓，心中惶恐不已，连忙入宫向李渊请罪，却被李渊斥责一番，令其返回东宫闭门思过，东宫卫率也被削减大半。
李世民得知裴寂被抓，心中稍稍安慰，连忙前往刘文静的灵堂，为他上香祭拜。灵堂内冷冷清清，只有几个忠心的旧部在守灵。李世民看着刘文静的牌位，泪水再次滑落：“刘公，你放心，害你的人已经被抓了，你的冤屈很快就能昭雪了。我会请求父皇为你恢复名誉，善待你的家属，绝不会让你白白牺牲。”
几日后，李渊下旨，为刘文静平反昭雪，恢复其鲁国公爵位，追赠礼部尚书，将流放的家属召回长安，归还其家产；裴寂因陷害忠良、扰乱朝纲，被削去官职，流放静州；赵文恪虽已身死，却被追夺所有官职，抄没家产。
长安百姓得知刘文静冤案昭雪，纷纷奔走相告，不少人自发前往刘文静的墓前祭拜。刘文静的葬礼上，李世民亲自为其送葬，