402年），朱棣攻入南京，登基为帝，同年册立徐妙云为皇后。册封大典上，徐妙云以“皇后之责，在于辅佐君王、教化后宫、体恤百姓”为由，拒绝了朱棣为其举办盛大庆典的提议，改为“减省用度，赈济南京灾民”，此举赢得朝野赞誉。

    成为皇后后，徐妙云首先整顿后宫，制定《内训》二十篇，明确规定“后宫不得干预政事、不得私藏财物、不得结交外臣”，还废除了明初后宫中部分严苛的礼仪，善待宫女妃嫔，禁止“殉葬”陋习（延续马皇后的举措）。她以身作则，生活节俭，穿素色衣物，饮食清淡，还亲自纺纱织布，将织成的布匹赏赐给宫女或赈济穷人，后宫风气为之一清。

    （二）辅佐朝政，以柔克刚

    朱棣性情刚愎，登基后为巩固皇权，对建文旧臣多有打压，朝堂气氛紧张。徐妙云多次劝谏朱棣“帝王治世，当宽严相济，不可滥杀无辜”，她以“汉高帝诛戮功臣而国乱，汉文帝宽宥大臣而国兴”为例，劝说朱棣善待建文旧臣中清廉正直之人。

    解缙是建文旧臣，因直言进谏触怒朱棣，被关进大牢。徐妙云得知后，在朱棣夜间批阅奏章时，为其端上一碗莲子羹，趁机说：“解缙虽为建文旧臣，却有治国之才，且直言敢谏，正是帝王所需之臣。若杀之，恐堵天下言路。”朱棣听后有所触动，最终赦免了解缙，还任命其为《永乐大典》的总纂官。

    此外，她还关注民生，多次提醒朱棣“农桑为立国之本”，建议他“减免灾区赋税，兴修水利”。永乐元年（1403年），江南遭遇水灾，徐妙云主动捐出皇后宫中的钱财，还派人前往灾区安抚百姓，组织赈灾，朱棣深受感动，随即下令大规模赈济江南灾民。