昔日仙气缥缈、药香弥漫的灵山福地，如今触目皆是断壁残垣、焦土沟壑。护山大阵彻底崩毁，主峰大殿坍塌过半，丹房药圃损毁无数，护山灵兽多有死伤。空气中弥漫着经久不散的血腥、硝烟与淡淡的“暗影”污染残留气息。
更沉重的，是人的伤亡。初步统计，此役战死、失踪、或因“暗影诅咒”彻底异变而被处决的弟子、执事、长老，超过三成。另有大量弟子身负重伤，道基受损，或被“暗影”污染后虽然保住性命，但修为倒退，神魂萎靡，需要漫长的净化与调养。整个药王谷，笼罩在一片压抑的哀恸之中。
药尘真人强撑着伤势与悲痛，主持大局。三位太上长老也顾不得闭关恢复，与凌霄、赤阳真人、铁骨真人等人一起，日夜不休地投入到善后工作中。
首要任务是清除残留的“暗影”污染。虽然“归墟之门”的威胁被转移，但那些侵入地脉、灵植、甚至弟子体内的“暗影”能量，依旧顽固。三位太上长老联合药尘真人，以残存的“净世青莲大阵”核心为基，结合“生生造化泉”泉眼，布设了一座覆盖全谷的“清浊分化大阵”，缓慢而坚定地净化着污染，修复着受损的地脉。
其次是救治伤员。药王谷本就是以丹道医术立宗，此时更是倾尽所有库藏，炼制各类疗伤、净魂、固本的丹药。赤阳真人与铁骨真人也传讯各自宗门，请求调拨更多疗伤资源与擅长治疗的长老前来援助。玄天盟与万兽山在这次并肩作战中，与药王谷结下了深厚的生死情谊，对此自是义不容辞。
至于重建山门、修复阵法、整顿内部，则是更加浩大漫长的工程。幸存的弟子们在长老带领下，强忍悲痛，清理废墟，搬运建材，修复破损的洞府与灵田。所有人的眼中，都带着劫后余生的庆幸，以及一抹化不开的悲愤与坚定。家园被毁，同门罹难，这份血仇与伤痛，将永远烙印在药王谷的记忆中。
而云芷，则成了整个药王谷最深的牵挂与担忧。
她被安置在主峰地底最深处、灵力最为精纯温和、且布设了重重保护禁制的“养魂玉室”中。三位太上长老轮流以自身精纯的灵力与道意为她温养经脉，稳固道基，涤荡识海中因强行篡改“归墟之门”而残留的规则反噬与混乱意念。
云芷的状态极其糟糕。肉身濒临崩溃，经脉寸断后又勉强续接，如同布满裂痕的瓷器。识海更是如同经历了一场浩劫，若非混沌灵根坚韧无匹，以及心口那点魂印星光始终护持着最后一点真灵不灭，恐怕早已魂飞魄散。她的意识陷入深度沉眠，对外界几乎毫无反应，只有极其微弱的生命气息，证明她还活着。
药尘真人每日都会来探望，看着玉台上气息微弱、面色苍白的弟子，这位历经风浪的谷主眼中，充满了痛惜、自责与无尽的期盼。他知道，云芷能否醒来，何时醒来，醒来后又能恢复几分，都是未知之数。她的伤势，早已超出了寻常丹药与医术的范畴，涉及到了最本源的规则反噬与神魂损耗。
“或许……只有时间，以及她自身血脉与那神秘魂印的力量，才能让她慢慢恢复。”青木太上长老探查良久，最终喟然长叹，“我们能做的，只是为她提供最好的环境，稳住伤势不恶化，等待奇迹。”
“奇迹……”药尘真人望着云芷心口那点即便在沉睡中也微弱闪烁的星光，喃喃道，“她已经创造了太多奇迹。这一次，我相信她也能。”
时间，在药王谷艰难的重建与云芷的漫长沉睡中，悄然流逝。
一月过去，谷内污染基本清除，伤员情况趋于稳定，山门开始有了简单的轮廓。
两月过去，第一座修复的丹房重新升起丹火，新的灵药嫩苗在净化的灵田中破土而出。
三月过去，护山大阵的基础阵基开始重建，虽然远未恢复往日威能，但总算有了初步的防护。
而云芷，依旧沉睡。
她的气息在这三个月中，有过数次极其微弱的起伏波动，但始终未曾真正醒来。心口那点魂印星光，也一直保持着那种微弱的、却顽强不灭的状态，仿佛在默默滋养、守护着她破碎的一切。
就在药王谷众人渐渐适应这艰难的重建生活，将希望寄托于时间之时——
外界，因药王谷一战引发的波澜，正以远超他们想象的速度，扩散开来。
首先做出反应的，是“仙界巡天司”。
药王谷之战结束半月后，一道由巡天司正式签发的“诸天通告”，便通过特定的渠道，传达到了与仙界有联系的诸多中千、大千世界，以及一些强大的修真势力耳中。
通告内容措辞严厉，直指“九霄灵界”（药王谷所在世界）因“监管不力”、“私藏禁忌”、“擅动归墟”，导致“虚空裂隙异常剧变”、“诸天秩序受扰”，造成“恶劣影响”。巡天司将“九霄灵界”列入“观察名单”，并要求该界所有“归墟相关”人员、物品、遗迹信息，需即刻向巡天司驻该界“观察使”（即将派遣）报备，接受监管。同时，“严厉谴责”药王