出身于官宦之家，自幼博览群书，因母病习医。万历十七年(1589年)中进士，选为翰林检讨，官至福建参政。与传教士利玛窦往来过甚。（这是个污点，但瑕不掩瑜）

    万历二十年(1592年)因上书直言抗倭，被诬以“浮躁”降职，遂称病辞归。重新精研医理，能做眼窝边肿瘤切除手术，又能治愈疯疾。历11年编成《证治准绳》44卷，凡220万字。另着有《医镜》4卷、《新镌医论》3卷、《郁冈斋笔尘》等，辑有《古代医统正脉全书》。今人辑有《王肯堂医学全书》。