太庙之后，便是清算涉事臣子了，尽管凤阳巡抚杨一鹏有杨泽隐瞒军情的前因，有其正在外地剿匪、驰援不及的客观因素，但失地焚陵的后果必须有人承担最高责任。
他与巡按吴振缨最终未能逃脱极刑和遣戍的命运，杨一鹏被判弃市家人流放极远边地，吴振缨在朝堂上关系硬，按理说他的罪责比杨一鹏还大点，他是直接弃官逃跑了，但最后只判了一个流放嘉峪关，甚至没有祸及家人。
徐州总兵马圹，睢州总兵骆举增援迟缓被下旨训斥，鉴于他们手上还有兵马，崇祯皇帝也就没有对他们处以极刑，仍命他们用心剿贼，不负朝廷期盼，南京兵部尚书吕维祺没有提早支援凤阳，致使中都被陷，流寇焚烧祖陵，罢免南京兵部尚书由前任河南巡抚范景文替代，池河营提督赵世臣也被剥夺军职，由前任延绥总兵杜文焕之子右都督杜弘域接任提督。
池河营是南京京营之一责任是守卫南京﹑保护祖宗陵寝，另外一个是神机营。
做完这些事后，崇祯皇帝开始当众念罪己诏，这是崇祯继位八年以来写的第一份罪己诏，哪怕是崇祯二年后金破关入寇围京师他都没写，再往后到大明灭亡前他还写了五份。
罪己诏内容是说他无德但核心内容还是甩锅，开头便说他以浅薄的德行继承皇位，本希望与天下臣民共同革新政治，恢复祖宗时期的盛世局面。
不料因用人失当，导致外敌猖獗、内乱四起。建州女真原本是我朝附属，流寇原本也是我大明子民，若是安抚管控得当，岂敢反抗朝廷？
以我朝全盛之国力，文武人才之众多，可惜重用了浮夸欺诈之徒，实干建功者寥寥。致使建奴兵三次入侵，流寇作乱七年，军队长期征战，百姓流离失所。国库匮乏却征调不止，民生凋敝而加税难停，深夜反思，实在羞愧愤慨至极。
今年正月，贼寇竟惊扰皇陵，使祖宗蒙痛、百姓结仇，罪责实在于我。于是增兵筹饷，限期平乱。期盼擒获贼首歼灭顽敌，方能上慰祖宗下安百姓。
不料官员们决策失误，致使贼势再度猖獗。甚至大将受辱于匪类，兵民竟敢藐视朝廷。地方再遭蹂躏，百姓重陷水火。痛心疾首之情，何以承受？若不全力清剿，天下何时得安宁？现已追加军饷，增调精兵，拯救百姓就在此一举。
念及军中文武官员、各地将士风餐露宿、饥寒交迫，我深感挂念。想到他们餐风宿露，我不忍安卧深宫；想到他们粗食冷水，我不忍独享美食；想到他们披甲冒险，我不忍独穿华服，特定于今年十月三日移居武英殿，减少膳食、撤除乐舞。除重大典礼外，皆穿青衣理政，以此表明与将士们同甘共苦的决心，直至乱贼平定之日。
文武官员也当反省过往过失，砥砺未来志节，上下同心匡扶国运，总督与总理大臣须将旨意传谕全军，体察朕心共救苍生。当周密联络协同，实施合围总攻。直捣贼军核心，全力歼灭顽寇。
贼众虽多，核心骨干实少，只要主力被歼，余众自会溃散，但须防备埋伏与车轮战术，不可孤军深入。不得贪抢财物纵敌逃窜。要确保粮草接续，避免中途断粮错失战机。
除贼首必诛不赦外，被胁迫的愚昧民众不忍尽数诛杀，应预留生路预先通告：弃械散去者免于追究，趁机归顺者妥善安置。已准许零星遣散，但不得携带兵器马匹。各地须加抚恤，严禁欺凌侮辱。乡兵除守卫本地外，有愿杀敌出征者，可编队随军作战。
总督洪承畴已获尚方宝剑，总理卢象升可相机行事，命戎政衙门、光禄寺、太仆寺共拨银十五万两，内库拨发大红蟒缎绢布二万匹，分送各路大军。
派巡按御史任监军记录战功，督办前线赏赐事宜，可杀牛犒军鼓舞士气，务必赏罚分明及时，杜绝拖延冒功之弊。
这篇罪己诏先是说了自己无德，可德这种东西虚无缥缈的，实则核心内容还是甩锅大臣，同时崇祯还要求各地增新饷，举重兵，计划六月平贼，只能说这篇罪己诏不痛不痒根本不能算反思，并且增的新饷又能增加一波流民给农民军补充兵员。
在去年八月初一当时商洛地区的流寇在张献忠、罗汝才他们的率领下进入了河南，当时洪承畴因为西宁兵变的事无法离开陕西，于是崇祯任命卢象升总理直隶、河南、山东、四川、湖广军务剿贼。（之前忘了写现在提一嘴）
在发完罪己诏后，崇祯皇帝同兵部商量后布置了军事任务，若是还在陕西的流寇进入河南，或者是河南流寇窜入陕西，则由洪承畴与卢象升联合夹击。
由于害怕流寇再跑到南京去刨祖坟，他命令新任淮扬巡抚朱大典率领抚标二千三百人，山东总兵杨御蕃率兵一千五百人防卫南京周边，保护皇陵，
保定总兵董用文率兵五千人赶往开封府太康县驻守，防备流寇窜回河南
京营总兵倪宠率兵三千、密云副将牟文绶率兵二千奔