在接下来的平叛征伐战中，沐天波决定不再像以前那样坐镇昆明，而是亲自奔赴前线，与士兵们并肩作战。他要用实际行动来证明自己的决心和勇气，重新夺回失去的荣耀。
七月，越南总督、镇南将军孙承宗抵达昆明。此时的明军已经取得了一系列的胜利，成功收复了滇东的曲靖、广西府、广南府、寻甸、武定等五府，以及滇南的八州、府、司。在这场激烈的战争中，明军合计歼灭了十六家土司，十余万叛军，打退了缅甸木邦、勐养等土司数轮凶猛的攻势，暂时稳定了云南半壁江山。
然而，对于明廷来说，这些成果还远远不够。云南的动乱不仅给当地带来了巨大的破坏，也使得刚稳定下来的越南因为被抽调了半数大军而又开始出现不稳定的局面。为了解决这一问题，孙承宗在与新任云南巡抚梁廷栋密谋一番之后，决定采取进一步的行动。
他们精心策划，择日便调集了滇东的石屏土司龙在田、嶍峨土司王扬祖、蒙自土司沙源、宁州土司禄永命、景东土司刁勋四家土司兵，并于昆明募集而来的数千人组建了新编133师和134师，并由龙在田与沙源出任两个新编师的师长，准备对云南的叛乱势力发动一次更为猛烈的进攻。
而在此之前，那十二个遭受过不同程度损失的师，也趁着这个机会迅速补充兵员，恢复到了满员状态。孙承宗则当机立断，迅速派出了了四个滇军师和三个越南师，对盘踞在楚雄府定远的吾必奎的元谋土司老巢发起了一场惊心动魄的总攻。而随行而来的四个本土师则负责防守滇西和昆明等地。
孙承宗的这一战术安排可谓是独具匠心、别出心裁。他巧妙地利用了不同军队的特点和优势，滇师土司兵用于攻打叛军城寨；而将越南师派去进行野战。这种分工明确的策略，犹如一把利剑，一下子就取得了惊人的效果。
正所谓“知己知彼，百战不殆”，最了解你的人往往就是你的敌人。在云南这片土地上，几百年来土司与土司之间的械斗、征伐战可谓是屡见不鲜、数不胜数。这些在茂密丛林中穿梭自如、如履平地的土司兵，对于叛军来说简直就是天敌一般的存在。即便叛军埋伏的再好，总会被滇军土司兵找到。双方对地域的了解，是基本一致的，谁也奈何不了谁。
而与叛军中那些被强行征召的土司兵相比，云南巡抚衙门征召的土司兵显然更具正义性，他们的士气和斗志自然更为高昂。因此，在战斗力方面，这些正义之师无疑要比叛军更胜一筹。
尤其是在千余人规模的丛林战中，可以说，叛军勉强能与滇军打个旗鼓相当，有时候还落了下风。而当战斗升级到万人级别的平原会战时，他们又岂是那些熟练掌握鸳鸯阵的越南军的敌手呢？
正所谓你会的我都会，我会的你未必会。
两军在滇中、西部地区展开了反复拉锯战。
“正义之师”这四个字被孙承宗利用到了极致。只要他大旗一树，损失惨重的七个师不用多久便能再次齐装满员。而叛军，只能是一次又一次的强征无辜土民。双方之间的战斗意志、士气自然是此消彼长。
云南实在是太大了，茂密丛林极大的限制了滇军的兵力优势，眼看推土机似的打法费时又费力。
随后，孙承宗便改变了打法。他采取了宣传为主，打为辅的策略。
大军未动，而探子先到，一封封盖有镇南将军印章的信件被送到了各地土司手中。
信中表达了朝廷对改土归流政策的详细讲解，以及对平叛的决心。对于摇摆不定或者是被裹挟的土司，孙承宗表示自己代表朝廷会酌情处理，并不会赶尽杀绝。对于从犯，他表示只要对方阵前投降，或者戴罪立功，朝廷同样也会既往不咎。而对于主犯，孙承宗连给其写信的行为都没有，毕竟这波人是必死无疑的，甚至还要夷三族，给其写信不是白费口水吗？
改变了策略的明军，在随后的讨伐战中，更加的势如破竹，游刃有余。一股股叛军要么临阵倒戈，要么按兵不动坐视同僚被歼灭而不救。
就这样，本就貌合神离的叛军，就变得更加的神不合，貌也不合了。
天启十六年正月，最后一股叛军被围歼在原勐养宣慰司的属地勐养城。
历时一年半的云南土司叛乱被明廷镇压。
此次叛乱，云南超过三分之二的土司参与了叛乱，导致三十余万无辜滇民死于战乱，双方死于战争的士兵不下二十万，十数座城池被夷为平地。财产损失更是高达百亿元。
此战之后，云南大伤元气，人口更是损失了四分之一。不过让人欣慰的是，改土归流政策在云南得以彻底的实施。战后查抄、罚没的土司耕地约有二百万亩，新登记造册土民三十余万，有效的填补了各地人口的损失。
更令人振奋的是，明军借着由头，正式进入了勐养宣慰司，占领了其首府，并对占领该地的缅甸东