的宽容却使得西班牙殖民者对在菲华侨的欺压有恃无恐，绝境中的华侨苦不堪言。1639年明崇祯十二年，不堪迫害的在菲华侨再次起义，这次坚持可近4个月。起义失败后华侨再次遭到有组织的杀戮。

    1657年，得知菲华侨悲惨处境的郑成功下令中国商人不得与西菲当局开展贸易，否则格杀勿论。在攻下台湾后，郑成功便派人向菲律宾总督下书，谴责其杀戮掠夺华侨罪行，严令其改邪归正，否则将出兵攻取菲律宾。

    面对郑成功的威胁，西菲当局反而进行了对华侨的第三次集体屠杀。这次种族绝灭式的大屠杀中究竟有多少华侨遇害说法不一。《明史》说是两万五千人；福建巡抚说是三万多人；郑成功闻讯大怒，集结军队筹备粮饷准备征讨菲律宾。菲律宾岛上再度风声鹤唳人人自危，那时候荷兰的崛起也正威胁西班牙人在菲律宾的统治，西殖民当局感到回天乏术着手准备撤离。只可惜郑成功尚未出兵就出现内乱，不久后病逝。其子郑经也曾二度准备出兵征伐马尼拉，因种种原因未能成行，不能不说这是历史一大遗憾！

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