刘义隆在铲除徐羡之之后，并未停下惩治奸佞的步伐。他紧接着下令诛杀了傅亮以及谢晦的儿子谢世休，与此同时，还将谢皭、谢世平、谢绍等谢氏家族中的子弟尽数拘捕入狱。谢晦眼见自己的亲人和族人遭受如此劫难，心急如焚，赶忙向文帝上书申诉冤情，期望能够得到宽宥。可惜的是，无论他如何苦苦哀求，最终都未能改变既定结局，一切努力皆付诸东流。
最终，谢晦毅然决然地举起了反叛大旗。面对这一局势，刘义隆果断下达命令，派遣中领军将军到彦之、征北将军檀道济以及骁骑将军段宏等诸位将领联合起来，共同出兵征讨谢晦。不仅如此，刘义隆更是亲率大军西征，以显示他平定叛乱的决心和勇气。
时间来到二月，到彦之和檀道济率领着军队一路追击，终于在隐矶这个地方（位于当今湖南省临湘市的东北部、长江的南岸）与谢晦展开了一场激烈的战斗。经过一番激战，谢晦的军队被打得落花流水，狼狈不堪。随后，他们乘胜追击，又在延头（现今湖北大悟县的东南部）成功地将谢晦擒获，并将其押解送回到都城。
当刘义隆得知这一胜利消息时，他正身处芜湖（地处安徽省芜湖市的南部）。听闻捷报传来，刘义隆满心欢喜，当即决定班师回朝。回到都城之后，刘义隆毫不留情地下令将谢晦及其一众党羽全部斩首示众，以儆效尤。
然而，就在这场平叛之战中，尽管檀道济因诛杀叛贼立下赫赫战功，但他却未能因此摆脱刘义隆对他的猜疑之心。原来，檀道济身边的心腹之人皆是久经沙场、经验丰富之士，而且他的几个儿子也都才华出众、意气风发。这些因素使得刘义隆始终对檀道济心存忌惮。
时光荏苒，转眼到了元嘉十三年（公元 436 年）的三月。此时，刘义隆再也按捺不住心中的疑虑和不安，于是降下诏书，下令将檀道济交由廷尉处置。与此同时，檀道济的儿子——时任给事黄门侍郎的檀植等人，也一并遭到牵连，共计十一人皆被诛杀。就这样，曾经为刘宋王朝立下汗马功劳的檀道济一家，最终落得个悲惨的下场。
体恤民生，开创盛世
刘义隆统揽朝政后，加强朝廷内外官吏的品德与能力建设，元嘉三年（426年），派散骑常待袁渝等大臣巡行诸州郡县，考察官员政绩，体察民情，又让各郡县向朝廷奏报当地的行政得失；刘义隆还不断督促宗族子弟多加自勉自律，元嘉六年（429年），命江夏王刘义恭出任荆州刺史后，写信告诫他应严于律己、忠君辅政、克勤克俭等为人处世之义理，又曾于元嘉二十二年（445年）在为衡阳王刘义季践行时，教导孩子们应多思民苦、勤俭节约；此外刘义隆自己也勤勉于政、惜才尚贤，自元嘉三年始，每年都会亲临延贤堂听取狱讼三次，还多次亲临玄武馆检阅军队，元嘉五年主动下诏征取利国利民的正直之言，元嘉十一年征召朝廷内外有才之士。
元嘉四年（427年），刘义隆行幸丹徒（今江苏省镇江市丹徒区）故地，于丹徒宫中宴请帝乡父老，免除当地这一年的租布税，减轻服五岁刑犯人的刑罚。五月，都城发生瘟疫，遣官员巡抚慰问，行医给药，对那些没有家属善后的死者，赐棺材以安葬。次年，都城内相继发生大火、水灾，皆遣使前往安抚赈灾。此后三十年间，吴兴（今浙江省吴兴县南）、晋陵（今江苏省常州市）、义兴（今江苏省宜兴市）等郡县多次遭受水、旱、火、瘟疫等灾害，刘义隆皆遣使巡抚慰问，拨款赈济灾民，且酌情减免当地税务。元嘉八年（431年），刘义隆遣特派官员亲自提审一些狱讼案件，下令简化狱讼、减轻徭役。同年，抚军长史、南蛮校尉张邵因触犯律法当处死，刘义隆念他曾是宋武皇帝时的旧功臣，赦免其死罪。元嘉九年（432年），诏令追赐给已故太傅长沙王、已故大司马临川武烈王等旧功臣祭庙，载名于史册，统治期间还曾多次亲临老将旧臣之家，给予抚恤慰问。元嘉二十六年（449年）再次行幸丹徒，减免丹徒、沿途各郡县的租税，同时登记曾与宋武帝刘裕一同作战建国的人及子孙后代，给予赏赐。
元嘉八年（431年），刘义隆感国内农事荒废已久，游民渐多，为保障民生、充实仓廪[lin]，特下诏劝民农桑，对那些在农耕方面有特别突出的人给予重赏。元嘉十七年（440年），对那些庄稼收成不景气的郡县，减免赋税。元嘉二十年（443年），命各郡县根据百姓从事农桑的勤懒程度，进行赏罚，并亲率百官于城郊举行耕种仪式。元嘉二十一年（444年），下令借贷粮种给那些愿意从事农桑而又缺乏粮种的人，对种田千亩者，给予厚赏，同年还命各郡县官员应根据当地具体情况，引导百姓从事合适的农业。
元嘉十五年（438年），刘义隆下令修建国学馆，征召豫章人儒学家雷次宗至都城，让他招收学徒，讲授学业，为国培养人才。此外，刘义隆还特命丹阳尹庐江人何尚之、太子率更令何承天、司徒参军谢元分别开设玄学、史学