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古代线的银纹部古城，脉祖遗迹的星图上，墨晶星的标记与苍蓝星、赤焰星、冰蓝星形成四象阵，阵中心浮现出脉祖主文明遗址的更深层坐标。少女姜绾将基因密钥与《基因篇》残卷收入墨家秘库，萧决（古代线）则对着通讯器微笑：“双时空的基因共鸣成功了！墨晶星的危机彻底解除！”墨断突然发现星图的基因符号开始重组，形成了与三星堆神树枝干对应的纹路：“脉祖主文明遗址的基因守护阵，需要这四个分支的共生晶才能激活！”
现代线的墨晶星议事厅，墨晶星首领展示了墨家基因传承的记载：“当年脉祖族与墨家合作，将文明基因分为十二分支，每个分支掌握一种核心技术——苍蓝星的意识能量、赤焰星的火焰能量、冰蓝星的冰属性能量、墨晶星的基因技术……集齐十二分支的共生晶，就能激活脉祖主文明的‘终极守护阵’，抵御任何暗意识攻击！”林教授突然调出实验室的数据，发现墨晶星的基因技术能修复萧决体内蛊虫的基因缺陷：“萧决的蛊虫基因与脉祖基因同源，用墨晶星的技术，能让蛊虫从寄生变为共生！”
双时空的守护者们通过璇玑镜召开同盟扩大会议，墨晶星的基因学者展示了“基因共生计划”：“我们可以用基因技术优化同盟各族的防御能力，还能制造基因防护装备，抵御暗意识的基因攻击。”赤焰星首领握紧拳头：“我们四大分支的共生晶已集齐，现在可以组建‘元素基因战队’，前往主文明遗址激活终极守护阵！”星轨族首领操控时空监测仪：“暗意识联盟的残余势力在主文明遗址外围集结，他们也在寻找其他分支文明，我们必须加快速度！”
古代线的银纹部古城，墨家弟子正在紧急改装跨时空能量桥，将四大分支的元素基因能量接入能量桥，形成“元素基因能量通道”。少女姜绾将脉祖冰核、火种、意识共生晶、基因密钥嵌入能量桥的核心，能量桥爆发出金、红、蓝、墨四色交织的光芒：“现代线激活终极守护阵时，古代线能通过能量桥输送能量，强化阵眼效果！”萧决（古代线）则带着墨家弟子调试“基因干扰机关”：“这个能干扰暗意识的基因克隆技术，让他们的克隆军队失去战斗力！”
现代线的同盟舰队整合四大分支的舰船，组成“元素基因舰队”，朝着脉祖主文明遗址出发。舰队行驶途中，绾洄的基因检测仪突然发出警报，屏幕上跳出暗意识联盟的基因图谱：“他们在克隆脉祖先祖的基因！克隆体的战斗力是普通士兵的十倍！”墨晶星的基因学者立刻操控基因设备，解析出克隆体的基因弱点：“克隆体缺少墨家正统基因标记，用萧决的基因能量就能瓦解他们！”萧决将掌心按在舰队的基因核心上，他的基因能量顺着管道注入所有舰船，舰身的基因纹路开始亮起。
当舰队抵达主文明遗址外围时，暗意识联盟的克隆军队已组成密集的防线。克隆体们手持基因武器，体表覆盖着基因铠甲，看到舰队时立刻发起攻击。“基因净化弹发射！”萧决操控旗舰的机关炮，发射融合四大分支能量的基因净化弹，炮弹击中克隆体时，爆发出四色光雾，克隆体体内的扭曲基因链瞬间断裂，化作基因能量消散。但暗意识联盟的首领“暗基因尊”突然出现在空中，手中的基因权杖释放出巨大的基因扭曲场，舰队的基因防护盾开始波动。
“古代线基因干扰启动！”少女姜绾的声音从通讯器传来，古代线的基因干扰机关爆发出墨色金光，顺着能量桥传输到遗址外围。暗基因尊的基因扭曲场突然紊乱，克隆体们开始自相残杀——干扰机关让他们的基因识别系统失效。姜绾抓住机会，带着萧决、四大分支首领乘坐时空穿梭舱，冲向主文明遗址的核心守护阵。穿梭舱的基因防护层挡住了残余的基因攻击，舱内的共生晶同时亮起，指引着守护阵的位置。
穿梭舱刚抵达守护阵的阵眼，暗基因尊就亲自拦在门口，手中的基因权杖爆发出墨色能量：“姜绾，你们以为集齐四个共生晶就能赢？我已经克隆了脉祖创始人的基因，很快就能掌控终极守护阵！”姜绾走出穿梭舱，掌心的四大共生晶同时亮起，形成四色基因光盾：“你克隆的只是基因片段，没有文明的初心和传承，永远无法激活守护阵！”暗基因尊冷笑一声，权杖挥出一道基因冲击波，冲击波击中光盾时，光盾剧烈震动，却没有破碎——四大分支的基因能量形成了完美的防御闭环。
萧决趁机操控基因刻刀，将墨家基因符号刻在守护阵的阵眼上，阵眼的青铜纹路开始亮起。四大分支首领同时将共生晶按在阵眼的凹槽里，古代线的元素基因能量顺着能量桥传输过来，阵眼爆发出耀眼的四色金光，形成巨大的元素基因守护阵，将暗基因尊和残余的克隆体一起包裹在内。暗基因尊的身体在阵中开始扭曲，克隆体的基因链纷纷断裂：“不可能！我不甘心！”
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守护阵的核心突然浮现出脉祖创始人的基因虚影，虚影对着姜绾和萧决点头，手中的基因权杖一挥，一道纯净的基因能量注入萧决体内。萧决胸口