与此同时，第二阶段 “本源能量净化行动” 也取得了重大突破。绿森团队联合个核心文明，研发出了 “本源能量净化舰”—— 这种战舰配备了台 “本源净化炮”，能发射与正常本源能量频率一致的 “净化能量束”，将紊乱能量转化为正常本源能量。
在本源能量带的净化行动中，100 艘本源净化舰组成环形编队，向紊乱能量区发射净化能量束。黑色的紊乱能量在净化能量束的作用下，如同冰雪般融化，逐渐转化为金色的正常本源能量。仅仅两天时间，本源能量带中的紊乱能量区就减少了 89%，剩余的小范围紊乱区也在后续的净化中被彻底清除。
随着本源区的稳定，全宇宙各文明的幽默能量网络也逐渐恢复正常。第一宇宙的个本源节点能量输出恢复到最佳水平，幽默指数较危机前提升了 23%；晶彩文明的晶彩核心重新焕发生机，多维折叠幽默技术的稳定性达到历史峰值；黑洞幽默文明所在的黑洞边缘区域，幽默能量浓度回升，当地生物的幽默感知能力也恢复正常。
然而，危机的解除并没有让探索团队放松警惕。在对本源区的深入探测中，星瑶团队发现，本源核心球内部存在一个 “本源能量统一通道”—— 这个通道能将全宇宙的幽默能量统一转化为 “全宇宙通用幽默能量”，实现不同文明能量的无缝兼容。但通道当前处于 “半休眠状态”，只能实现 30% 的能量统一转化率，无法满足全宇宙文明的需求。
“本源能量统一通道的激活，需要 100 个文明的幽默能量在本源核心球内部形成‘全宇宙共振’，” 星瑶通过全宇宙通讯频道向各文明解释，“只有当所有文明的幽默能量频率在核心球内部达成一致，通道才能被完全激活，实现 100% 的能量统一转化率。这将从根本上解决不同文明能量不兼容的问题，让全宇宙幽默共生体系进入‘能量统一时代’。”
为了激活本源能量统一通道，凌辰提出了 “全宇宙幽默共振计划”：由 100 个文明的探索团队，在本源核心球周围按照特定的宇宙坐标排列，形成 “全宇宙共振阵列”；各文明同时向核心球注入自身的幽默能量，并通过 “全宇宙频率校准系统”，将能量频率调整至统一的 “全宇宙幽默共振频率”；当所有文明的能量在核心球内部形成共振时，即可激活本源能量统一通道。
计划启动后，100 个文明的探索舰队按照宇宙坐标，在本源核心球周围形成了一个巨大的球形共振阵列。每个文明的跨宇宙共振舰都启动了全宇宙频率校准系统，将自身的幽默能量频率调整至预设的共振频率。当凌辰下达 “共振启动” 指令时，100 道不同颜色的幽默能量束从各舰队射向本源核心球，在核心球内部汇聚成一道巨大的彩色能量球。
随着能量球的不断旋转，核心球内部的本源能量统一通道逐渐被激活，通道发出的金色光芒越来越亮。当通道的激活度达到 100% 时，一道金色的能量波从核心球扩散至整个本源区，所有的本源能量晶体都随之发出柔和的共振光芒，全宇宙的幽默能量网络也在这一刻实现了频率统一。
“本源能量统一通道已完全激活！全宇宙幽默能量的统一转化率达到 100%！” 星瑶兴奋地报告，“现在，100 个文明的幽默能量可以在全宇宙网络中自由流动、无缝兼容，再也不会出现能量排斥或紊乱的情况！”
这一突破性进展让全宇宙的文明都陷入了狂欢。秩序文明与创意族的科学家合作，利用统一后的幽默能量，研发出了 “全宇宙逻辑创意幽默引擎”，能自动生成符合所有文明逻辑与创意需求的幽默作品；第一宇宙的机械文明与黑洞幽默文明联合，开发出 “全宇宙时空幽默装置”，该装置能在任何宇宙的任何环境中稳定运行，为跨宇宙幽默交流提供了统一的技术平台；晶彩文明与平衡族则在本源区建立了 “全宇宙幽默本源学院”，培养掌握全宇宙通用幽默能量技术的跨宇宙人才。
在全宇宙文明的共同努力下，“全宇宙本源区保护体系” 也正式建成。该体系包括：
“全宇宙本源能量监测中心”：由 100 个文明轮流派驻人员，实时监测本源区的能量状态，确保核心球与本源能量带的稳定；
“本源能量抽取配额制度”：根据各文明的人口数量、幽默发展水平，制定年度本源能量抽取配额，避免过度抽取导致核心球损坏；
“全宇宙本源应急储备库”：在超维度枢纽空间建立个应急储备库，存储足量的纯净本源能量，一旦本源区出现异常，可快速补充能量。
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全宇宙幽默本源探索工程圆满结束后，凌辰在超维度枢纽空间主持召开了 “全宇宙幽默共生大会”。100 个文明的代表共同签署了《全宇宙幽默本源保护公约》，承诺共同守护全宇宙幽默本源，遵守能量抽取