一些生物对河鲀毒素的耐受性与其独特的钠离子通道结构有关。研究发现，3x10^-6m的河鲀毒素对Arothron hispidus等7种河鲀鱼肌肉的动作电位没有影响，而3x10^-7m的河鲀毒素却阻断了3种不含河鲀毒素的其他鱼的动作电位。河鲀毒素的结合位点位于钠离子通道内高度保守的成孔区域（p-loop），对河鲀毒素敏感的钠离子通道（ttx-sensitiveNa+el）在该区域有与ttx高度亲和的芳香性氨基酸。如果该区出现由芳香性氨基酸向非芳香性氨基酸的氨基酸置换，就会显着影响其与ttx结合的灵敏度，从而使钠离子通道成为抗河鲀毒素的钠离子通道（ttx-resistantNa+el）。通过对河鲀鱼（Fugu pardalis）骨骼肌通道的A基因序列图谱的研究发现，通道的结构域I的成孔区域的401位置包含有一个非芳香氨基酸，即天冬酰胺酸，而此位点发生的氨基酸置换可能与河鲀鱼对高浓度的ttx耐受有关。在捕食与防御的长期进化过程中，在北美西部，一些束带蛇对河鲀毒素也具备了一定的耐受力，而且，不同地区的束带蛇对河鲀毒素的耐受力也有明显差异。对这些束带蛇的通道进行分析发现，他们的芳香氨基酸在401位点是保守的，但在结构域IV的成孔区域发生了几处氨基酸置换。在willowcreek地区的束带蛇的通道的结构域IV包含有3个氨基酸的置换，该地区束带蛇对ttx的耐受力比benton地区的高两个数量级，因为后者只包含1个氨基酸替代。只在河鲀鱼与束带蛇中发现它们对河鲀毒素的耐受性与其骨骼肌和神经元的钠离子通道发生了氨基酸替代有关。这两种生物之间的一个主要差别就是，几乎所有的河鲀鱼对ttx都有一定的耐受性，而且有相同耐受机制，但是只有一部分束带蛇具有对ttx的耐受力。