一些翠星作物适应了方舟环境，产量比方舟内退化的品种高出不少，带来了短暂的希望。
但也有些作物迅速死亡，或者表现出不可预测的变异。
就在这艰难维持的平衡中，新的问题出现了。
随着“生命”政策实施，方舟社会再次分化。
控制了堡垒管理权、技术资源或武装力量的人，逐渐形成了新的特权阶层。
而普通的民众，则成为被管理和分配的对象。
星痕纪元255年，晨光去世。
联合议会的权力结构开始松动，效率下降。
一种新的力量——基于实物控制和资源垄断的“资本”，开始萌芽。
一个名叫“银秤”的前物资管理员，利用职务之便和精明的头脑，逐渐控制了多个堡垒的后勤补给和部分尚能运转的生产设备。
他建立了“银秤商会”，以借贷和贸易的方式，积累了巨大财富和影响力。
与此同时，在堡垒之外的“废弃区”，以及堡垒内的最底层，出现了事实上的“奴役”。
失去依靠的孤儿、老弱病残、破产的平民，被商会或武装头目“收容”，从事最危险、最繁重的劳动，却只得到勉强糊口的食物。
社会阶层固化：顶层是商会首领、堡垒主管、军队头目；中层是技术员、商人、小生产者；底层是普通劳工和佃农；最底层是奴隶和弃民。
星痕纪元280年，一场奴隶起义在第三堡垒爆发，领导者是曾为技术学徒、因主人破产被卖为奴的“磐”。
起义很快被商会联合其他势力镇压，三百多名奴隶被公开处决，尸体悬挂示众。
磐被俘后，没有求饶，只是对银秤说：“你们在忙着给自己打造更舒服的棺材，却忘了这棺材正在漏水，而且快要沉了。”
银秤将他流放到了环境最恶劣的“边缘区”，任其自生自灭。
然而，在边缘区，磐发现了改变一切的东西——一处基本完好的“播种者紧急信息库”，里面保存着完整的航行日志、技术手册、以及……方舟的终极真相。
他花了几年时间学习、理解。
然后，他计算出那个残酷的数字：距离方舟预设的“最终关闭程序”执行，只剩下不到二十年。
星痕纪元310年，磐带着这个发现逃回中心区，找到了晨光的孙子、联合议会现任象征性领袖“曙光”。
两人秘密组建“拯救同盟”，开始联络所有尚有理性、不甘坐以待毙的力量。
星痕纪元315年，拯救同盟发动了不是基于暴力，而是基于“真相”和“共同利益”的变革。
他们公开了倒计时，展示了完整的播种者日志，揭露了方舟的真相和迫在眉睫的终结。
恐慌之后，是前所未有的团结或者说，别无选择。
银秤商会的势力在真相面前土崩瓦解。
拯救同盟接管了方舟的领导权，开始了最后的、疯狂的冲刺。
在磐的指导下，技术团队尝试突破基因锁和系统权限。
星痕纪元340年，他们取得了部分成功，解锁了导航系统的只读权限，看到了令人绝望的现实。
方舟早已偏离航线，最近的可能适宜星系也在六十二光年之外，而他们的时间，不到十年。
更糟糕的是，导航数据显示方舟正不可逆转地漂向一片密集的小行星带，撞击将提前终结一切。
“我们必须改变航向，哪怕只是一点点，避开那片区域！”磐在会议上嘶吼。
但推进系统的控制权依然牢牢锁死。
星痕纪元345年，在尝试强行破解推进系统权限时，团队触发了深层防御协议。
系统误判为“核心遭受攻击”，启动了“区域隔离”的终极自保程序。
G区到L区——包括主要居住区和两个关键生命维持中心——被瞬间密封隔断。
超过一万两千人被困。
当救援团队历时三个月，终于破解隔离打开大门时，里面已是人间地狱。
空气污浊，资源耗尽，幸存者为了最后一点食物和水自相残杀。
只有不到两千人活着出来。
“大隔离事件”摧毁了刚刚凝聚起来的信任和希望。社会再次陷入猜忌、指责和分裂。
星痕纪元348年，反对派指责磐和冲刺团队“鲁莽的实验害死了上万人”，要求停止一切危险研究。
武装冲突爆发，双方在狭窄通道内交火，流弹击中了主控中心外墙，导致最后的数据中继线路损坏。
导航、状态监控……方舟最后“可见”的眼睛，瞎了。
星痕纪元349年。
倒计时最后一年。
方舟陷入了彻底的、缓慢的死亡。温度持续下降，系统一个接一个停摆。食物生产几乎停止，疾病蔓延。
社会秩序崩溃，小规模的抢劫和暴力成为日常。