众人制定了行动计划：第一组由黄三炮、莱拉和莫克组成，从洞口潜入，解决第一层的守卫，控制监控室；第二组由迭戈和消防队员组成，在遗址外围埋伏，防止武装分子逃跑；第三组由索菲亚和小塔卡组成，进入第二层储存区，收集草药样本，为后续归还部落做准备；孙子则负责在遗址外，用无人机实时传输画面，联系巴西警方支援。
黄三炮带领第一组，趁着守卫换班的间隙，悄悄潜入洞口。洞口内的通道漆黑一片，只有墙壁上的火把发出微弱的光芒。莫克走在前面，用探测杖探测周围的陷阱：“小心，通道两侧有‘绊索陷阱’，连接着上方的巨石，一旦触发，巨石会砸下来，堵住通道。”
众人跟着莫克，小心翼翼地避开绊索，来到第一层守卫区。莱拉用消音手枪，精准地击中两个巡逻守卫的膝盖，守卫应声倒地，没等他们发出声音，就被黄三炮用手铐铐住。控制室内的守卫听到动静，刚想拿起对讲机汇报，就被莫克甩出的藤蔓缠住手腕，对讲机掉在地上。
“不许动！” 黄三炮举起枪，厉声喊道，“你们已经被包围，抵抗是没有用的！” 守卫们见大势已去，纷纷放下武器，举手投降。黄三炮立刻让莫克控制监控系统，将监控画面切换成之前录制的空白画面，为其他小组争取时间。
与此同时，索菲亚和小塔卡已经进入第二层储存区。眼前的景象让索菲亚兴奋又心疼 —— 兴奋的是，这里的草药种类多达种，其中种已经被列为濒危物种；心疼的是，很多草药因为储存不当，已经开始发霉变质，失去了药用价值。“快用‘草药保鲜术’，” 索菲亚从背包里拿出特制的保鲜袋，“这是用蜂蜡和羊皮纸制成的，能保持草药的湿度和温度，防止进一步变质。我们要尽快收集健康的草药样本，转移到安全区域。”
小塔卡在帮忙收集草药时，不小心将一盒血竭打翻在地，红色的粉末撒了一地。“别慌！” 索菲亚赶紧拿出一把干燥的树叶，将血竭粉末收集起来，“血竭遇空气会凝固，我们用树叶包裹，还能保持它的药效。” 小塔卡点点头，赶紧帮忙收集，两人配合默契，很快就收集了大部分健康的草药样本。
就在众人准备进入第三层交易区时，遗址突然剧烈震动，头顶的石块开始掉落。“不好！卡洛斯启动了自毁程序！” 莱拉大喊，“根据监控显示，自毁倒计时还有分钟，我们必须在倒计时结束前，抓住卡洛斯，撤离遗址！”
众人加快脚步，冲向第三层交易区。交易区的石椅上，卡洛斯正疯狂地笑着，手里拿着一个红色的自毁控制器：“你们以为能抓住我吗？就算我死，也要让这些草药和遗址一起消失！” 他按下控制器上的按钮，屏幕上的倒计时开始跳动 ——“00:09:59”。
“快阻止他！” 黄三炮朝着卡洛斯冲去，卡洛斯却突然甩出一把毒粉，黄三炮躲闪不及，毒粉溅到了他的手臂上，手臂瞬间变得麻木。“这是‘麻痹毒粉’，5 分钟内会扩散到全身！” 莫克赶紧拿出一个装有绿色液体的竹筒，倒在黄三炮的手臂上，“这是用雨林里的‘解麻草’煮的水，能中和毒粉的毒性。”
黄三炮的手臂很快恢复知觉，他再次冲向卡洛斯，一把夺过自毁控制器，将卡洛斯按在地上，用手铐铐住。“自毁程序怎么关闭？” 黄三炮厉声问道。卡洛斯冷笑一声：“你们永远关不了，除非有遗址的‘图腾密码’，而这个密码，只有我知道！”
莫克突然指着石椅背后的墙壁：“我知道密码！墙壁上的图腾，按‘蛇 - 鹰 - 豹’的顺序触摸，就能关闭自毁程序！这是卡雅波部落的‘遗址守护密码’，我爷爷曾经告诉过我，只有真正的雨林守护者，才能使用这个密码。”
莫克按照顺序，触摸墙壁上的三个图腾，随着 “咔嗒” 一声，自毁控制器上的倒计时瞬间停止，屏幕上显示 “自毁程序终止”。众人都松了一口气，莱拉擦着额头的冷汗：“还好有莫克长老，不然我们就要和遗址一起变成废墟了！”
此时，巴西警方的支援队已经赶到，将遗址内的武装分子全部逮捕，储存区的珍稀草药也被安全转移。卡洛斯被押上警车时，看着窗外的雨林，无奈地说：“我以为遗址的陷阱能挡住你们，没想到还是输了。” 黄三炮看着他，语气严肃：“你输给的不是我们，是雨林的智慧，是人类守护传统草药的决心。”
当天下午，众人在卡雅波部落的聚居地，举行了 “草药回归仪式”。索菲亚将收集到的草药样本，一一归还给各个部落的代表，塔卡则带领族人，在遗址周围种植了大量的防火藤和重生蕨：“这是‘遗址守护带’，能防止非法分子再次进入遗址，也能促进遗址周围的生态恢复。我们会派部落的年轻人，24 小时守护在这里，让遗址和草药永远远离危险。”
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最搞笑的是，阿吉在仪式上，不小心将一把防火藤种子撒在了自己的头发上，风一吹，种子纷纷落在他的肩膀上，像长了一层绿色的 “绒毛”。小塔卡笑着说：“阿