在帕蒂亚以南，穿过海洋后广袤无垠的草原上，这里是公认的人类的起源。从人类诞生之初，就有过无数的争议，有人说人类给这个世界带来了灾难，无数的宝可梦因为人类的直接或者间接的行为导致灭绝，也有因为人类的喜好，被培育得畸形无法重新适应大自然的宝可梦。
这部分人认为，人类就是这个世界最大的祸害。
直到一位先知的出现，改变了这一看法。这位先知是从天冠山顶上走下来的，他声称自己得到了神明的启示，神预言了接下来席卷世界大洪水，神告诉先知，要建造一艘巨大的方舟，才能在洪水来临时存活下来。
先知听从了神的指示，开始指导人们建造方舟，并且尽可能地将见到的宝可梦也带上了方舟。为了存活下去，宝可梦和人类发展出了特殊的关系，人类也开始理解共情宝可梦，两个群体之间绵延千年的狩猎关系在这一刻发生了改变。
洪水如约而至，巨大的方舟被洪水托举起来，人类和宝可梦无一不在欢呼，他们将先知高高捧起，庆祝这来之不易的生存机会。洪水退去后，人类和宝可梦没再回到那样尔虞我诈的生活，反而在这片广袤无垠的土地上一起生存，直到现在。
不知道多少年前，在神奥的一个遗迹之中，还未成为冠军的竹兰正在和已经在宝可梦世界声名鹊起的艾玛一起发掘一块石板。
竹兰此时在宝可梦对战上还不算顶尖，但在遗迹研究方面却是数一数二的学者，尤其是她的古文字解读，几乎可以说是冠绝群雄。
“艾玛博士！你看这里！方舟果然是存在的！”
“没错！小竹篮！真的太感谢你了！如果方舟存在的话，那么人类和宝可梦再次和谐共处的世界也是存在的！”艾玛拿出照相机，将这块石板上的内容拍摄下来。
石板上记载了人类在先知的帮助下，和宝可梦一起登上方舟和谐共处的事迹。几千年的时间过去了，人们早就对曾经的方舟传说知之甚少，甚至认为这只是一个单纯的传说。但现实却是，洪水退去之后，一切并不像传说中那样，人类和宝可梦一直是这样和平共处的。在人类文明伊始，宝可梦被作为战争兵器存在培养，无论是在狭窄的欧罗巴大陆上的卡洛斯、帕蒂亚，还是在亚细亚大陆边上的神奥、丰缘，都发现了不少利用宝可梦达到自己战争目的的记载。
而到了现代，经过了两场世界级别的大规模战争后，人类似乎很少提起战争的话题，只有在少数地区还存在小范围的冲突。大国之间有了一种默契，都可以避免提到这个话题。但人类总是喜欢在一些事情上争论，如果没有战争的话，总得找个事情来让争论停止，宝可梦联盟就是在这样的环境下诞生的。
“或许应该让亚玄来看看，我在这里还发现了路卡利欧的记载，或许会对他的路卡利欧研究有些帮助。”竹兰展现出一副好学的样子，事无巨细地将石板上的内容通通记录下来。
“嗯，我这边准备好了，天色不早了，我们先回去吧。”
“艾玛博士，你先回去吧，我到时候自己回去。”竹兰已经入迷了，她现在只想快点把石板上的内容全部翻译出来。
“那你注意安全。”
艾玛博士离开了遗迹，在遗迹外面，她们搭了一个帐篷，帐篷里面放着一张长桌子。艾玛拿出了一个像是通讯器一样的东西，将它放在桌上，突然通讯器在空中投射出一个画面，画面里面是一个长着红色头发，样子非常像是一只红色狮子的人。
“弗拉达利，计划已经有结果了，石板预计在明天就会全部翻译完成。顺带一提，你发明的全息影像通讯器还真好用，有没有兴趣大规模生产？”
画面中的男人叫弗拉达利，他对艾玛的话十分冷淡，说道：“我对你说的大规模生产没什么兴趣，既然好用的话就应该人人都能使用，这样就不会有人嫉妒他人去争抢一些东西。”
“你又开始了，还是说计划吧，方舟是存在的，接下来我们只要找到方舟的遗迹，就可以……”
“艾玛，计划又变，攀升者有新的消息传达过来了。”
“攀升者？他登顶了？”
“是的，他登上了一千多年来一直都没有人登上的真正的天冠山山顶。”
弗拉达利还没说完，又有一个画面被投影了上来，画面中也是一个男人，看上去愁眉苦脸的，他叫赤日，平时就是这一副臭脸的样子，艾玛已经习惯了。
“石板的研究……”赤日没有过多废话，开门见山直接询问石板的进度。
“真是心急，全部翻译得明天了，现在的话，我只能告诉你，方舟是存在的。”
“存在……那它为什么消失呢？人类的斗争是无可救药的，艾玛，我希望你明白这一点。”
“赤日？你在说什么呢？”
赤日板着一副脸，继续说道：“我从今天开始，退出攀升计划，这个世界上有更多值得我去做的事。不……这个世界没有，希望我们能够在下个世界再见