地球南极冰盖下，TPC远东总部的警报系统突然发出刺耳鸣叫。监测屏上，南大西洋海域的海水正以肉眼可见的速度诡异地静止，无数气泡在海面下凝结成诡异的几何图案。正在实验室调试新型探测仪的翔太手中的仪器突然爆发出刺耳的蜂鸣，屏幕上原本蔚蓝的海洋数据，此刻正被黑色噪点迅速吞噬。
“全体注意！南极冰层下方检测到异常能量波动，坐标锁定格陵兰海底山脉！”指挥官的声音在作战室炸响时，翔太已经冲向了停机坪。当他驾驶胜利飞燕号抵达目标海域时，眼前的景象让他瞳孔骤缩——原本深不可测的海底，此刻正矗立着一座由星骸碎片构成的巨型迷宫，无数菱形晶体在迷宫表面流转着暗紫色光芒，而迷宫中央，一个背生六只机械触须的身影正缓缓升起。
“那是...暗裔机械兽·诺克斯？”通过耳机传来的博士声音带着颤抖，“根据古代石板记载，这是宇宙流浪文明制造的终极兵器，会将星球改造成活体迷宫来抽取地核能量！”翔太的手不自觉按在腰间的变身器上，只见诺克斯的触须突然射出数十道锁链，瞬间将三艘前来侦查的潜艇卷入迷宫。锁链接触金属的瞬间，潜艇表面竟开始生长出与迷宫相同的晶体，仿佛正在被同化。
“喝啊！”光芒闪过，萧刻奥特曼的银色身躯破水而出。他刚落地，脚下的海底便传来剧烈震动，迷宫的墙壁突然分裂出无数小型机械虫，如潮水般涌来。萧刻奥特曼左臂的蓝色能量环骤然亮起，一道水幕屏障在身前展开，将机械虫挡在数米之外。但诺克斯的触须却趁机缠住了他的右腿，紫色电流顺着接触点疯狂涌入，让他的动作顿时变得迟缓。
“糟了，它在吸收我的能量！”翔太感觉到体内的光之力量正在快速流失，彩色计时器开始发出警告般的红光。就在此时，迷宫顶部的晶体突然同步亮起，一道柱状光束从天而降，将萧刻奥特曼笼罩其中。他惊讶地发现，自己的视野竟开始重叠，无数个平行空间的画面在眼前闪现——某个时空中的自己正倒在废墟中，另一个时空中的TPC基地已被晶体覆盖...
“这是...空间锚定能力？”萧刻奥特曼猛然想起古代文献中的记载，暗裔机械兽会通过制造平行空间投影来锁定猎物。他强行凝聚精神，右手握拳砸向地面，蓝色光波以他为中心炸开，震碎了周围的晶体投影。趁着诺克斯的锁链出现松动，他抓住机会施展出“星轨束缚光带”，将六只触须紧紧捆住。
然而诺克斯的核心突然爆发出刺眼光芒，所有晶体同时转向萧刻奥特曼。翔太意识到危险，立刻切换成红色形态，双臂交叉挡在身前。下一刻，无数道紫色光束从晶体群中射出，在海面掀起遮天蔽日的爆炸。当烟尘散去时，萧刻奥特曼的能量已经濒临极限，胸口的计时器开始疯狂闪烁。
“不能在这里倒下！”翔太看着远处正在继续生长的迷宫，突然想起实验室里那台尚未完成的“星核共鸣仪”。他咬牙聚集最后的光能，将手掌按在迷宫核心的紫色晶体上，光之力量与暗裔能量剧烈对冲，在海面炸出直径千米的光圈。趁着诺克斯的系统出现短暂过载，胜利飞燕号的光束精准击中了晶体的能量节点。
随着一声机械悲鸣，诺克斯的躯体开始崩解，星骸迷宫也随之分崩离析。翔太解除变身后，在海底捡到一块残留着暗裔能量的晶体，晶体深处似乎隐约倒映着一个戴着面具的神秘人影。而此时的宇宙深处，那座由星骸组成的巨型母舰上，无数同样的紫色晶体正缓缓亮起，仿佛在呼应着什么。
“看来，真正的敌人还在更遥远的地方...”翔太望着逐渐恢复平静的海面，手中的晶体突然发出轻微震动，远处的星空深处，某个未知的阴影正悄然转向地球的方向。
翔太带着残留暗裔能量的晶体回到TPC远东总部，刚踏入实验室，周围的仪器便发出尖锐的警报声。那晶体上的暗裔能量与实验室内的常规能量场产生强烈冲突，紫色的电弧在晶体表面跳跃，似在抗拒着被研究的命运。
首席科学家藤宫博士迅速赶来，他身着白色实验服，眼神中透着专注与紧张。在特制的隔离舱中，晶体被小心翼翼地放置，舱内的探测器开始对其进行全方位扫描。数据不断在屏幕上跳动，显示出的能量波动和结构信息让藤宫博士眉头紧锁。
“这晶体的能量构成极为复杂，”藤宫博士推了推眼镜，“其中蕴含的暗裔能量，似乎与某种古老的邪恶力量相连，我们必须深入研究，才能搞清楚它背后隐藏的秘密。”
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在接下来的日子里，翔太与科研团队日夜奋战，试图破解晶体的奥秘。他们通过模拟各种能量环境，观察晶体的反应，发现这晶体不仅能吸收和储存能量，还能与周围环境产生某种共鸣，影响周围空间的稳定