“有机生命的蝼蚁，”机械音通过地核共振传遍全球，“你们的恒星系已被选为齿轮帝国的第739号能量池。交出钥匙，或许能留你们全尸。”青铜面具的影像投射在云层上，翔太终于看清，那面具下竟是由齿轮和线路构成的机械脸庞。
藤宫的紧急通讯切入：“翔太！根据最新分析，齿轮帝国的核心技术是‘机械降神’系统，他们通过寄生天体能量中枢，将整个星球转化为机械生命。而你体内的生物密钥，正是他们当年遗失的启动装置！”
话音未落，母皇舰突然释放出数百架“齿轮尖啸者”战机，这些战机能够吸收大气中的电离能量，所过之处天空都被染成金属灰色。翔太正要升空迎敌，却发现机械共鸣形态的雷达系统自动锁定了母皇舰的弱点——位于舰桥下方的“反物质熔炉”，那是维持空间锚点的核心。
“启动超音速巡航模式。”翔太尝试用意识操控装甲，齿轮纹路瞬间覆盖全身，背后展开十二片合金光翼。当他以三倍音速突破大气层时，地表的机械触须突然集体转向，将能量汇聚成一道金色光束，直击他的后背。
剧痛中，翔太坠入月球表面。机械共鸣形态的装甲出现裂痕，齿轮纹路开始逆向旋转，竟在吸收他体内的光之能量。更危险的是，母皇舰的引力光束正将月球拖向空间锚点，地球的潮汐平衡被打破，太平洋掀起千米高的金属浪潮。
“不行……不能让地球变成第二个火星。”翔太爬起身，发现月球表面布满了与变身器相同的齿轮纹路——这是远古时期齿轮帝国留下的能量节点。他突然想起藤宫说过的“古老联系”，或许萧刻奥特曼的种族曾与齿轮文明有过交集。
集中精神，翔太将光之能量注入月球节点，齿轮纹路竟与节点产生共鸣，爆发出璀璨的银蓝光芒。机械共鸣形态的装甲瞬间修复，背后的光翼进化成齿轮状的“时空之轮”，能够短暂冻结局部空间。他抓住机会，对着母皇舰的反物质熔炉释放“齿轮断罪光刃”，十二道螺旋状光束直接切开了舰体装甲。
然而，母皇舰的核心突然分裂成六个独立的齿轮核心，每个核心都开始吸收不同属性的能量：红色核心吞噬热能，蓝色核心抽取电能，黑色核心则对准了翔太体内的光之能量。他感觉自己的力量正在被快速剥离，机械共鸣形态的维持时间进入倒计时。
“翔太！还记得火星的反共振棱镜吗？”藤宫的声音从破损的通讯器中传来，“我们在月球背面发现了古代齿轮文明的遗迹，那里有能对抗‘机械降神’的装置——‘原初齿轮’！”
凭借时空之轮的力量，翔太在齿轮核心的包围中撕开缺口，抵达月球背面的环形山。眼前的遗迹让他震撼：直径百公里的齿轮矩阵埋在月壤下，中心悬浮着散发纯白光芒的原初齿轮，正是齿轮帝国所有技术的源头。
当他触碰原初齿轮的瞬间，无数记忆碎片涌入脑海：在宇宙诞生初期，光之巨人的祖先与齿轮文明曾是盟友，共同维护次元平衡。但齿轮文明过度追求机械化，最终被元始能量反噬，分裂成追求纯粹机械的帝国和守护原初齿轮的残党。而萧刻奥特曼的变身器，正是用原初齿轮的碎片打造的。
“原来我们才是钥匙的守护者……”翔太喃喃自语，原初齿轮的光芒与他体内的光之能量融合，机械共鸣形态进化为“圣辉齿轮形态”，体表的齿轮纹路流转着神圣的金色光芒。
重返战场时，母皇舰的六个齿轮核心已完成能量收割，正准备启动“行星齿轮化”程序。翔太展开时空之轮，冻结了三个核心的运转，同时用原初齿轮的力量召唤出古代齿轮战舰的虚影，形成能量矩阵对抗剩余核心。
“你竟敢玷污机械的纯粹！”青铜面具的主人——齿轮皇帝终于现身，他的机械身躯由暗物质构成，每根触手都能操控行星轨道。翔太注意到，皇帝的胸口镶嵌着与原初齿轮对应的“堕天齿轮”，正是导致齿轮文明堕落的罪魁祸首。
两大齿轮在空中碰撞，引发的能量风暴将火星轨道上的陨石群震成齑粉。翔太利用圣辉齿轮形态的“因果律齿轮”能力，强行逆转堕天齿轮的能量流向，将皇帝吸收的地球能量反灌回地核。剧烈的能量对冲中，母皇舰的空间锚点开始崩塌，无数机械战舰被吸入次元裂缝。
最后关头，齿轮皇帝启动了母舰的自毁程序，十二颗反物质炸弹朝着地球坠落。翔太耗尽最后的能量，用原初齿轮在地球外层空间构建了临时防护罩，自己则被爆炸的余波掀飞至金星轨道。
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当他在TPC的医疗舱中醒来时，全球的机械触须已全部瓦解，原初齿轮的光芒化作流星雨洒向地球，修复着被破坏的生态。藤宫博士站在病床边，手中拿着从皇帝残骸中找到的金属片，上面刻着与变身器相同的古老文字：“当光之齿轮与机械齿轮共鸣，宇宙的平衡将由钥匙抉择。”