根据黑袍人交代的线索，他们得知阴谋组织在宇宙的各个角落都设有秘密基地，这些基地相互呼应，形成了一个庞大的网络。萧刻奥特曼和宇宙护卫队开始了漫长而艰难的清剿行动。
他们首先来到了一个位于遥远星系的基地，这里被浓厚的黑暗能量笼罩，周围布满了各种危险的陷阱和强大的防御武器。宇宙护卫队小心翼翼地靠近基地，却触发了警报。瞬间，一群黑暗武士从基地中涌出，这些武士身着黑色铠甲，手持锋利的光剑，眼神中透露出冰冷的杀意。
萧刻奥特曼率先发动攻击，他施展出“萧刻飞踢”，一脚踢飞了一名冲在最前面的黑暗武士。他的伙伴们也纷纷施展技能，有的发射出强大的激光束，有的召唤出元素之力，与黑暗武士展开激烈战斗。在战斗中，萧刻奥特曼发现这些黑暗武士的力量来源是基地中的一个黑暗能量核心，只要摧毁这个核心，就能瓦解他们的战斗力。
他与一名擅长速度的伙伴配合，让伙伴吸引黑暗武士的注意力，自己则趁机冲向基地内部。在基地内部，他遇到了各种机关陷阱，但凭借着敏捷的身手和强大的实力，一一化解。终于，他找到了黑暗能量核心。这个核心散发着诡异的黑色光芒，不断向外输送着黑暗能量。
萧刻奥特曼集中精神，施展出“光暗平衡冲击”，强大的力量直接命中黑暗能量核心。黑暗能量核心瞬间发生爆炸，强大的冲击力将整个基地摧毁。失去能量支持的黑暗武士们纷纷倒地，失去了战斗力。
然而，萧刻奥特曼和宇宙护卫队还没来得及休息，就收到了来自另一个星系的求救信号。原来，阴谋组织得知他们正在清剿行动，便对一个和平星球发动了攻击，试图以此牵制他们。萧刻奥特曼和伙伴们立刻赶往该星球。
当他们抵达时，发现星球上已经陷入一片火海，阴谋组织的军队正在大肆破坏。萧刻奥特曼愤怒不已，他与伙伴们毫不犹豫地加入战斗。这次，他们遇到了一种新型的战斗机械，这种机械不仅拥有强大的攻击力，还能变形为各种形态，适应不同的战斗环境。
萧刻奥特曼与战斗机械展开了激烈的搏斗。他发现这种机械的弱点在于其关节部位，于是他施展出“萧刻爆裂拳”，一次次击打机械的关节。在他的攻击下，战斗机械的行动逐渐变得迟缓。与此同时，他的伙伴们也在与其他敌人战斗中发挥出各自的优势，有的用冰冻技能限制敌人行动，有的用火焰技能烧毁敌人的武器。
在大家的共同努力下，他们成功击退了阴谋组织的军队，解救了这个星球。但萧刻奥特曼知道，这只是阴谋组织的一次反击，他们还有更多的阴谋在暗中策划。
随着清剿行动的深入，萧刻奥特曼和宇宙护卫队发现了阴谋组织的一个重要基地，这个基地似乎隐藏着阴谋组织的核心机密。当他们进入基地后，发现这里布满了各种高科技设备和神秘的实验装置。在基地的深处，他们找到了一个巨大的能量储存罐，里面储存着一种未知的能量，这种能量散发着诡异的光芒，让人感到不安。
就在他们准备研究这个能量储存罐时，基地突然发生了剧烈的震动。原来是阴谋组织启动了基地的自毁程序，并且派出了最强的战斗力量——黑暗巨兽。这只黑暗巨兽体型巨大，拥有强大的防御力和攻击力，它的眼睛闪烁着红色的光芒，口中喷出黑色的火焰。
萧刻奥特曼和伙伴们没有退缩，他们决定与黑暗巨兽展开一场生死较量。萧刻奥特曼施展出“宇宙毁灭光线”，强大的光线射向黑暗巨兽，但黑暗巨兽只是微微后退了几步，并没有受到太大的伤害。它张开大口，喷出一道黑色的火焰柱，萧刻奥特曼连忙施展出“奥特护盾”，抵挡火焰柱的攻击。
在战斗中，萧刻奥特曼发现黑暗巨兽的能量来源与之前遇到的黑暗能量核心有所不同，它似乎融合了多种邪恶力量。他意识到，必须找到一种全新的战斗方式才能击败它。于是，他与伙伴们开始尝试各种技能的组合，经过多次尝试，他们发现将光的力量和元素的力量融合在一起，能够对黑暗巨兽造成巨大的伤害。
萧刻奥特曼集中精神，与伙伴们一起施展出融合技能——“光元素风暴”。一道巨大的风暴在黑暗巨兽周围形成，风暴中蕴含着强大的光芒和各种元素之力，黑暗巨兽在风暴中痛苦地挣扎着。最终，在光元素风暴的强大力量下，黑暗巨兽被彻底击败，化作了一团烟雾消散在空中。
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随着黑暗巨兽的毁灭，基地的自毁程序也即将启动。萧刻奥特曼和伙伴们迅速逃离基地，在基地爆炸的前一刻，他们成功脱离了危险。
经过一系列的战斗，萧刻奥特曼和宇宙护卫队成功捣毁了阴谋组织的大部分据点，消灭了大量的敌人。但他们知道，阴谋组织的首领依然在逃，只要首领还在，就随时可能卷土重来。
在一次偶然的机会中，萧刻奥特曼