洪武十三年十二月，晋昌郡王高进达、太原郡王王式同日薨。帝闻讯罢朝三日，素服御贞观殿，泣谓群臣：“进达从朕于陇，扫吐蕃、平河朔、定中原，今日殂落，如折股肱。”
壬寅，帝追封高进达为肃王，谥文正；追封王式为并王，谥文成。命有司以亲王礼治丧，敕工部造螭首碑，帝亲撰神道碑文。
以高进达陪葬帝陵西阙，赐东园秘器、黄肠题凑。发羽林军三千送葬，旌幡蔽日，自罗隐至帝陵百里缟素。
高进达子高述袭晋昌郡王，降等世袭；王式子王涉袭太原郡王。帝召二子谕曰：“尔等当守谦抑，毋坠门风。”
洪武十二年正月甲辰，东洋舰队率舟师返安南。献红薯、土豆、玉米、橡胶、番茄、南瓜等物三十余种。帝令刊《农政新书》，留岭南试种。舰队归者皆授田赏爵。
五月，云南都督高骈奏：滇南瘴疠，戍兵病殁者十之三四。请征黔中、岭南蛮兵五万，以其耐湿热。帝从之。
八月，太子烈奏京察结果：查勋臣李阳春等十八家隐田五万七千六百顷，赃物折九百二十万贯。有刺史私改鱼鳞册，县令纵奴夺民田。帝黯然曰：朕平天下易，治人心难。遂诏太子总领二十道京察。
十月，户部奏天下户籍：户九百二十万五千六十七，口四千六百四十二万七百五十九；垦田三百一十二万五千四百一十顷，岁入粮四千二百六十一万二千六百九十二石。帝朱批：虽增田亩而实征反减，盖因勋贵隐漏。着太子彻查，毋纵毋枉。
洪武十三年正月辛亥，帝大祀天地于南郊。服衮冕，执镇圭，奏《云门》之舞。燔柴告天曰：“臣继隆谨以玉帛牺齐，粢盛庶品，明荐于皇皇帝天、皇皇后土。伏惟苍昊佑我烝民，五谷丰登，边陲宁谧。”
三月，岭南布政使赵朓献新作丰收录：红薯亩产八石余，土豆四石，玉米一石六斗，辣椒等佐膳之物不可胜计。
尤奏：诸物不择地力，硗薄新垦之田亦得三成收。帝大喜，敕曰：此天赐瑞穗，当广布天下。
四月，宴群臣于集仙殿。始用《九奏乐》，群臣舞蹈称万岁。
六月，黄河决于郑州。成国公赵英发河南、河北民夫十万堵决口，迁灾民三万于荆襄。帝减膳撤乐，拨内帑五十万贯赈济。
十月，高骈克永昌。奏言：高黎贡山以西瘴疠弥天，士卒病者日百数。乞暂休兵，俟冬瘴息再进。帝从之，赐医药万剂，敕曰：士卒性命，重于南疆寸土。
十一月，南诏王祐世隆薨于瘴疫。长子隆舜继位，遣使奉地图户籍，请称臣纳质。帝许之，收质子隆啰盛，置国宾馆。
十二月，诏告天下云南平。免剑南、山南西、岭南、云南四道赋税三年，赐西南戍卒双饷。敕建忠烈祠于昆明，祀征南阵亡将士。
洪武十四年正月，太子奏关西、关东京察官吏牵扯数万，贪墨金银及隐匿田亩不可计数。帝知道后，令有司依律将其流配戍边。
二月，帝出巡河西，令太子监国京察诸道。
三月，福建有司奏：福泉二州有疫，死者数千，皇太子遣人巡视灾疫，免二州赋税，令有司以医药赈灾。
丙辰日，帝至狄道，参拜凤凰山忠烈祠。
四月，有司奏京察江南，豪强多不法，皇太子令有司依法查办。
辛亥，帝至张掖，与交河郡王游甘州。
五月，江南豪强多反，许多州县都被豪强的家仆纵火而火光冲天。这些世家豪强家仆数百上千，聚众围攻州府县衙，都察院监察御史卢质急调都督使司兵马镇压。
六月，监察御史卢质奏：都尉陆枕以苏州豪强作乱为由，聚兵攻苏州，欲要杀卢质。众将不知，直到围住苏州才知道自己在谋反。左右别将趁夜擒陆枕，献俘苏州。太子得知后没有怪罪这些将士，而是发钱万贯来安抚他们，奖励他们拨乱反正的结果。
七月，帝与交河郡王相别，返洛阳。
九月，江南豪强多乱，太子调淮南诸道兵马进入江南平叛。
十月，帝至洛阳，太子率领百官出城迎接，帝开朝于乾元殿，太子奏：京察犯事罪官四千五百，佐吏白直三万三千，叛贼一百九十六家。帝令其依律惩处。
丙寅，帝以太子京察多牵连无辜，令其往熊耳山老君观禁足半月。
丁卯，帝释太子于老君观，令其居东上阁与内阁理政当差。
十一月，林邑寇安南，帝闻令岭南副都督李神福统兵二万讨之。遂缘海而进，随山刊道千余里。
洪武十五年春二月，安南都督李神福率师至浪泊。林邑王范陀罗以象阵迎战，神福以火枪惊象，象阵反奔，斩首三千级，降者万余人。
三月，神福以舟师溯香江，破其都城占婆。俘范陀罗，焚其王宫。重立马援铜柱，铸铭曰：铜柱折，交趾灭。林邑遗民望柱泣拜，不敢仰视。
四月，帝诏以安南、林邑地置安南道，设三