洪武三年正月，关内、河南雪薄。帝观天象，谓户部曰：《史记》云冬无雪，民多疾，其令诸州掘井修渠，备春旱。发内帑二十万贯助工。
二月，长江溢，淮南、江西八州浸。帝减膳撤乐，遣工部尚书窦斌督治水。蠲免岁赋，拨钱五十万贯为灾民造屋。
三月，国子监奏：天下官学社学新增学子四十七万六千四百五十七人。帝甚悦。
四月，五星聚于东井。太史令奏：此高祖入关之兆也。帝曰：昔武帝时五星出东方，言曰利中国，今岂异乎？遂免关内、河南两道赋税。
六月，魏州故牙兵韩忠义聚千人造反。河北都督斛斯光使马懿讨之，斩于临清驿。帝敕：自今牙兵年五十者许归农，给田免赋。
七月，平州牙兵二百五十人叛投奚部。边将追至白狼水，尽擒之。帝曰：此辈负恩，毋赦。皆斩于卢龙塞。
九月，安南长山蛮乱。都督邓俨遣兵马使葛从周率五千兵进剿，破三十六寨。徙降蛮十万于交趾，帝蠲其赋三年，赐粮三十万石、耕牛万头、铁犁五千具。
十月，博州王朴诈称黄巾，聚众数千掠乡里。斛斯光遣马懿击之，擒朴于聊城。
十一月甲申，敦煌郡王张议潮薨。帝悲恸，辍朝三日，追封凉王，谥忠武，配享太庙。亲制挽诗曰：河西风雨三十年，汉节终开日月天。以其长子淮铨袭公爵，余子皆授银青光禄大夫。
十二月，户部奏：岁入粮三千二百六十七万石，杂税九百四十六万贯。帝敕三司：须明刻碑示民，有贪克者族。
洪武四年正月，帝革中书省，置乾元、贞观、宣政、紫宸、文思、武成七殿大学士，秩正五品，总称内阁。二月，颁《内阁敕》：其职惟汇奏拟答，非宰相也。入选者必戍边一载，治县三载，通武事而知民情。
三月，湘西慈利蛮酋覃行章焚澧州仓廪。都督刘英谚率土家兵五千，以火药破其峒寨。帝敕：剿抚兼施，不可妄杀。。
辛未，山东青州蝗，帝命户部发钱三十万贯赈济，免本年赋税。
四月，山西平阳饥，拨京仓粮五十万石赈之。
五月，岭西邕、桂蛮乱，号十万众。副都督遣张归霸、庞师古率七千兵讨平，俘十万众，悉编为屯田兵。
七月，江南大雨三月不止，长江诸水溢，七十三县受灾。帝发内帑七十万贯，遣工部尚书耿明治水。是月，宰相刘瞻致仕，赐宅邸、钱帛，命北军护归乡里。擢河东布政使崔恕为相，王平仲代其职。
八月，国师悟真奏：吐蕃王没卢丹增受册封，建寺五十六座。帝命陇右、剑南扩修驿道通吐蕃，敕没卢丹增发民夫十万助工，日给粮三升。
九月，革僧道度牒旧制，定佛诞、玄元二节科考。收天下寺观田六百万亩，限三年无牒者还俗。僧道怨嗟而不敢逆，多奔吐蕃。
十月，户部奏：天下仓廪积粮二千二百万石，钱四百万贯。
十一月，军器监献火绳枪。帝召宰相曰：渤海据辽东故地，轻慢天朝。昔卫满窃朝鲜，武帝犹发兵灭之。遂调粮五十万石往登莱，集诸道兵于青州操练，造舰二百艘，欲跨海东征。
五年二月，帝诏青州聚兵三万，都督耿明率海军二万北上。于登莱、辽南诸岛修仓储十二座，筑石堡五处，烽堠相望。工部奏：“跨海运粮，须造二千料海鹘船百艘。”帝允之，令户部拨钱八十万贯。
四月，会川大雪山蛮叛，断西南驿道。巴川郡王张武率兵万人，攀冰崖、焚藤桥，搜剿百余洞。斩首三万，俘五万悉编屯田。帝敕：雪山险远，当置戍堡，永绝后患。
八月，以江南水患未根治，发户部帑钱五十万贯，浚吴淞江百里，拓黄浦江口，固浙江海塘。
十月，赈杭州饥民三万三千七百八十余口，给米十六万石。
洪武六年正月，镇州旧牙兵王奎纠亡命三千，诈称“天补平均大将军”，掠赵州。河北都督斛斯光发轻骑五千，夜袭其营。奎据滹沱河顽抗，光令士卒负草填堑，火枪齐发。斩奎于乱军，传首河北诸州县。帝敕曰：牙兵遗毒，务须根除。自今获叛卒，首恶凌迟，从者皆戍安南。
三月，京畿春旱，麦苗枯槁。帝命京畿道发常平仓粟百万石，分设粥棚三百处。另遣工部督民浚井万眼，赐《救荒本草》于诸县，减膳祈之。
七月，渤海使裴颋至洛阳，诘问海上筑堡事。帝曰：辽东本属汉人，昔唐室衰微暂弃之。今朕承天命，当复汉家旧疆。尔王可迁民北徙，免遭兵燹。
颋曰：唐太宗曾困于安市城。帝曰：卿不见野狼川黠戛斯之殁乎？颋汗流浃背而退。
八月，青州军尽换火绳枪，造弹药百万斤。征民夫二十万运粮，沿海设水驿三十处。
九月，渤海大将李居正陈兵三万于辽东。筑冰城、布铁蒺藜。耿明遣快船扰其粮道，焚其舟师百余。
十月，黔南矩州蛮叛。都督王建以土司兵为前锋，诱敌