明太祖恶明教上通国号，遂欲毁其宫宇，摈逐教徒。因一些大臣乞请保留，才置而不问。

    但明初朝廷仍视明教为左道乱正之术，律令规定，凡以此煽惑民众，为首者处以绞刑，从者杖责一百，流放三千里。

    因此摩尼教至明代已趋衰败，但民间仍有传习者。清初沿袭明律禁止摩尼教。

    摩尼教从唐以来，经历代与佛、道等融合、变化，已逐渐从朝野记载中消失。