事务由户部左侍郎兼兵部左侍郎担任，下设缉私总兵和各地的缉私副将、参将、游击等打击走私的衙门，以及具体在港口征收关税的海关分司。

    海关分司衙门的长官由户部郎中担任，同时派遣专门的巡关御史予以督察，地方巡按御史也有权稽核其账目。

    现在朝廷仅打算开一口，在京师的海关总署衙门可以暂时不设，但是提督海关总署事务户部左侍郎兼兵部左侍郎必须先任命，朱载坖属意的人选就是胡宗宪，由胡宗宪筹建一处海关，然后再决定是否增设。