冯铨的这一系列行动，被涿州的地方官看在眼里，他们认为冯铨在国难当头时的行为应得到嘉奖，因而请求朝廷恢复其官职。然而，这一提议遭到了阁臣吴甡和黄景昉的强烈反对，他们认为冯铨的过去难以原谅，不应轻易赦免。最终，冯铨的复职请求被驳回，他仍然处于被禁锢的状态。
即便如此，冯铨仍未放弃翻身的机会。崇祯十四年（1641年），他试图通过亲家周延儒和阁臣魏藻德的帮助，再次请求朝廷恢复其原有的官位。然而，由于反对声音过大，加之崇祯帝本人对阉党的深恶痛绝，冯铨的这一尝试最终未能成功，他仍旧背负着“逆辅”的污名，直到明朝灭亡，都未曾获得起用。
四、归顺清廷
顺治元年（1644年）五月，清军挥师南下，入主中原，清朝摄政王多尔衮以书信的方式召唤冯铨入朝效力。冯铨收到信后，毫不犹豫地赶往京城，迅速投入新朝怀抱。多尔衮对冯铨的到来给予了高度礼遇，赐予他朝服衣帽、鞍马、银币等物，命其以原官衔进入内三院，辅佐机要政务。半个月后，冯铨与其他文武群臣一道，在武英殿向多尔衮上表祝贺，表现出对新朝的忠诚与顺服。
顺治二年（1645年），冯铨在清廷的地位进一步稳固。六月初三，多尔衮下令抚恤并赡养明代遗腹子，冯铨等人立即叩头谢恩，显示出对摄政王政策的支持。在多尔衮询问其是否怀念旧主时，冯铨巧妙回答：“一心可以效忠两位君主，但是对一位君主不能二心。”这句话既表达了对清朝的忠心，也避免了被扣上背叛旧主的帽子。同年，冯铨被任命为内翰林弘文院大学士，正式成为清廷的高官。
然而，冯铨的仕途并非一帆风顺。同年七月，御史吴达对其提出弹劾，引发了一场政坛风波，但具体细节及处理结果并未详述于此。尽管遭受弹劾，冯铨在清廷的官位并未受到影响，反而在顺治六年（1649年）加官进爵，被封为少傅兼太子太傅。
顺治七年（1650年）十二月，多尔衮去世，清廷内部权力格局发生剧变。顺治帝亲政后，满洲贵族中的反多尔衮派掌握大权。顺治八年（1651年）二月，清廷开始对中央各部的汉官进行审查甄别，这一举措旨在清除多尔衮的余党，并整顿朝纲。在审查过程中，冯铨首当其冲，顺治帝历数其罪状，包括被吴达等人弹劾的罪名以及过去七年的所作所为，认为冯铨“殊失大臣之体”，最终命令其致仕，即退休。
五、效忠顺治
顺治十年（1653年），冯铨的命运出现了转机。三月二十一日，顺治帝发布诏书，以“冯铨原无显过，且博洽故典，谙练政事，朕方求贤图治，特命起用，以观自新”为由，命令吏部通知冯铨迅速前往京城。三月二十七日，顺治帝亲自召见冯铨，表达了对他的关切与重视。当日傍晚，冯铨与几位大学士一同被召入宫中，顺治帝谈及翰林官的才干问题，认为只需亲自考核，即可判断文采的高低。在此场合，冯铨巧妙地提出：“皇上选拔人才，不应只看重文章，南人汉官文章华丽但往往不善实务，满人虽文章逊色但办事效率高。”冯铨的这番言论，既迎合了顺治帝对满汉官员差异的看法，又间接贬低了南方汉官，尤其是被弹劾过的陈名夏和陈之遴，二人均来自江浙地区。顺治帝对冯铨的观点表示赞同，次日便恢复了冯铨的官职，重新任命他为弘文院大学士。
冯铨复出后，继续在清廷中发挥影响力。顺治十二年（1655年），他被加封为少师兼太子太师，与大学士洪承畴一同建议恢复明朝的票拟制度，又与大学士谢升等人共同议定了郊社、宗庙的乐章。尽管期间多次受到言官的弹劾，冯铨的地位并未受到根本动摇，甚至在罢官后不久便再度复出。
顺治十三年（1656年），鉴于冯铨年事已高，清廷加封他为太保，准许其退休，但仍将其留在朝廷中作为顾问，以备咨询。这一安排体现了顺治帝对冯铨经验和智慧的重视。随后，冯铨经过皇帝的允许，返回了原籍涿州。
顺治十六年（1659年），清廷进行官制改革，将内三院改为内阁，冯铨被任命为中和殿大学士，保留了其原有官衔，显示出清廷对其的持续信任与尊重。冯铨在清廷的这一系列经历，不仅体现了个人在政治风云中的起伏与调整，也反映了清初政权对汉官的态度变化，以及满汉官员之间复杂的权力博弈。
六、死后荣辱
康熙十一年（1672年）十一月初二，冯铨在其家中安然辞世，享年七十八岁。作为一位在明清两朝都曾担任要职的官员，冯铨的去世受到了朝廷的关注。康熙帝按照惯例，赐予他祭葬的荣誉，并追赠“文敏”这一谥号，这在当时是对一位文臣学识与品德的高度认可。
然而，冯铨身后荣辱交织的命运并未就此结束。一百多年后的 乾 降 五十四年（1789年）十二月，乾隆帝（高宗）回顾历史，对冯铨的评价提出了异议。乾隆帝认为冯铨“罔顾名节，身事两朝”，即在明朝与清朝之间反复，缺乏坚定的政治立场。此外，乾隆