不久，围绕李三才的争议又引发了新一轮的党派斗争。李三才在朝中颇有影响力，而无锡的顾宪成在东林书院讲学，吸引了一批朝臣的支持。顾宪成在李三才遭受攻击时，积极为其辩护，这使得原本就错综复杂的党争格局变得更加微妙。在万历三十九年（1611年）的京官考察中，攻击李三才的刘国缙和乔应甲分别因过失和年例被处理，这一事件成为了党争的导火索，叶向高在此过程中秉持公心，力求公正，使得考核官吏的大典得以顺利完成，但未能从根本上缓解两派之间的对立。
随着时间的推移，齐、楚、浙三大派系的势力逐渐壮大，它们与东林党之间的矛盾也日益尖锐，最终演变成为了一场激烈的政治斗争。天启年间，魏忠贤掌权后，王绍徽等人撰写的《东林点将录》成为打击东林党人的工具，这份名单罗列了许多被视为东林党人的官员，叶向高因其曾经的立场和行动，也被列为东林党党魁，成为了魏忠贤打击的目标。
七、二度为相
叶向高在离开政坛六年之后，于明光宗即位时受到了特别诏书的召唤，不久明熹宗登基，再度下诏急召叶向高回京复职。面对皇命，叶向高虽多次上疏推辞，均未获准。天启元年（1621年）十月，叶向高重回朝廷，被授予中极殿大学士之职，再度出任内阁首辅。在复出之初，叶向高便向熹宗表达了他对奏章流程的看法，强调了自己在神宗朝时的角色，即奏章由他亲自草拟，即便是熹宗有意愿实施某项政策，也需通过中使传达，若有异议，他会据理力争，而神宗往往能够接受他的意见，不会强行颁布旨意。他建议熹宗谨慎对待诏书的发布，所有事宜都应先由内阁草拟上报，熹宗欣然接受了这一建议，并很快采纳了叶向高的请求，拨付二百万两帑银用于东西战事，这显示了叶向高在朝中的影响力。
熹宗初登基时，朝廷中不乏贤能之士，朝野上下都寄希望于新帝能带来国家的治理与振兴。然而，年轻的熹宗尚不能辨明忠奸，逐渐被魏忠贤和客氏等人操控。魏忠贤与客氏合谋，先是杀害了太监王安，随后排挤了吏部尚书周嘉谟、言官倪思辉等忠良，大学士刘一燝也因不堪忍受奸佞的排挤而请求离职。叶向高敏锐地察觉到朝廷风向的变化，上疏指出客氏进出宫闱无度，而顾命大臣刘一燝的地位竟不如一个乳母，导致朝臣揣测圣意无所适从，这样的趋势必须制止。
叶向高对魏忠贤的批评激起了后者强烈的不满和报复心理。随后，刑部尚书王纪遭贬黜，礼部尚书孙慎行、都御史邹元标亦相继受到攻击被迫离职。叶向高试图为邹元标辩护，却未能扭转局势，无奈之下，他请求与邹元标一同离职，以示抗议。熹宗并未批准叶向高的请求，但这一举动却让魏忠贤对叶向高的嫉恨愈发加深。
叶向高在第二次担任内阁首辅期间，虽然尽力维护朝政的清明与公正，但面对魏忠贤等人的权势膨胀，他的努力显得力不从心。晚明政坛的腐败与混乱，使得像叶向高这样试图匡扶正义的大臣，不得不在权谋与党争中艰难前行。
八、对抗宦官
叶向高在第二次出任内阁首辅期间，面临着与前一次截然不同的政治环境。此时的皇帝熹宗年幼，朝政实权逐渐落入魏忠贤等宦官手中。尽管叶向高无法像侍奉神宗时那般直言进谏，但他依然在力所能及的范围内，多次尝试纠正政局中的不公，展现了一位资深政治家的智慧与勇气。
面对太监对敢于直言的官员的打压，如章允儒请求减少上供袍服而触怒太监，叶向高两次上疏营救，最终使章允儒免受廷杖，仅被剥夺一年俸禄。御史帅众因指责宫廷事务而遭太监陷害，叶向高同样出手相助，使其免于被外放。傅魁因救援王纪而面临贬谪，叶向高介入，使他仅被剥夺俸禄。这些例子展示了叶向高在保护正直官员方面的不懈努力。
在魏忠贤试图惩罚文选郎时，叶向高再次挺身而出，成功阻止了对官员的不当处罚。陈良训指责宦官权势，触怒魏忠贤，面临下狱之灾，叶向高以辞职相威胁，最终使陈良训仅被剥夺俸禄。在熊廷弼、王化贞被判死刑的案件中，叶向高请求待司法复核后再做决定，得到了熹宗的同意，这体现了他坚守法律程序的精神。
然而，叶向高与魏忠贤之间的较量并非总能取得胜利。当魏忠贤欲搜刮全国仓储以充实京师，叶向高警告此举可能导致地方不稳定，但未被采纳。魏忠贤通过制造一些小麻烦来刁难叶向高，迫使他多次提出辞职。
关键的转折点发生在天启四年（1624年），傅魁弹劾左光斗、魏大中勾结汪文言，魏忠贤借此机会试图罗织东林党人的罪名。叶向高挺身而出，承认汪文言是他推荐的，请求皇帝只处罚自己一人，以保护他人免遭无妄之灾。尽管魏