之后，戚继光率军直捣牛田，这里是福建倭寇的最大巢穴，周边小据点众多。戚继光采用夜袭战术，士兵手持柴草填平壕沟，突袭牛田，一举歼灭倭寇，随后在九月中旬的夜晚，又智取林墩，大量倭寇落水溺毙。兴化城的民众得知消息后，纷纷前来慰劳，戚继光在平远台刻碑纪念此役。
戚家军入闽不到两个月，千里转战，横扫横屿、牛田、林墩等倭巢，威名远播。各地将领纷纷效仿戚继光，开始训练自己的军队。戚家军因作战略有伤亡，需补充休整，戚继光于十一月返回浙江，途经福清时，偶遇倭寇登陆，迅速出击，斩首两百人，彻底清剿闽广倭寇。
3、暂定全闽
戚继光离开福建后，倭寇乘机卷土重来，攻陷了兴化城，使得福建局势再度紧张。明廷紧急调动兵力，任命俞大猷为福建总兵官，同时再次派遣戚继光率师援助，并由谭纶出任福建巡抚，统筹军事行动。然而，俞大猷认为单凭现有兵力难以彻底解决倭患，需要更大规模的军事行动。
嘉靖四十二年（1563年），戚继光第三次在义乌招募士兵后，率军进入福建，与俞大猷、刘显等将领商讨作战方案。他们决定先切断倭寇的退路，再由戚家军担任中路主攻，左右两翼由俞大猷和刘显部队配合。在四月二十日的平海卫之战中，戚继光亲自督战，戚家军在火炮的掩护下，成功突破倭寇防线，斩敌两千余，解救被掳民众三千余人。随后一个月内，戚家军连战连捷，共十二次击溃倭寇，斩敌三千余。
同年十一月，戚继光接任福建总兵官，负责镇守福建全省及浙江的金华、温州二府。不久，新一波的倭寇侵入福建，围困仙游城。戚继光率军驰援，在一个大雾弥漫的日子里，采取各个击破的战术，一举击溃倭寇，解救了被围困五十余天的仙游城。此战以少胜多，成为抗倭战争中的经典案例。
嘉靖四十三年（1564年）春，戚家军在王仓坪追击倭寇，斩首百余，迫使余党逃往蔡丕岭。戚继光指挥士兵攀岩追击，俘杀敌军一百多人。剩余倭寇逃至海上，侵扰福宁，戚继光率军李超等出击，击溃敌军，追至永宁，斩敌三百余。至此，福建境内的倭患暂时平息。
五月，戚继光与其他部队会师，镇压了“山寇”蓝松山，之后，戚家军长期驻守福建，维护了东南沿海的和平稳定。戚继光在福建的抗倭战绩，不仅稳固了明朝在东南的统治，也彰显了他卓越的军事才能和领导魅力，成为后世传颂的英雄。
4、出击粤倭
嘉靖四十四年（1565年），广东的倭患逐渐加剧，特别是潮州地区，倭寇与海盗吴平相互勾结，形成二万人的庞大势力，对沿海居民造成了极大的威胁。虽然俞大猷的部队多次对倭寇和吴平的海盗势力进行打击，但未能彻底根除。
同年春，戚继光率军与俞大猷会合，共同制定了讨伐吴平的作战计划。戚家军水陆并进，在梅岭一战中大败吴平的海盗和倭寇联军。战败的吴平被迫放弃辎重，带领一百余艘战船撤退至闽广交界的南澳岛，企图以此为据点继续顽抗。
九月，戚继光将部队分为中、左、右三路，趁着海面风平浪静，亲自督兵渡海攻打南澳岛。戚家军在岛上展开激烈战斗，俞大猷的援军随后抵达，与戚继光的部队共同作战，几乎全歼岛上敌军，仅有吴平等七百余人侥幸逃脱。戚继光和俞大猷乘胜追击，直至嘉靖四十五年（1566年）四月，终于彻底剿灭了残余的倭寇和海盗势力，吴平在无路可逃的情况下投海自尽。
五、望着幽燕
在东南沿海的倭患平定后，明朝的北方边防问题日益凸显。明穆宗即位后，力图革新政治，阁臣徐阶、高拱、张居正等人积极推动北方边防的建设和改革。隆庆元年（1567年），在陈瓒、吴时来等人的推荐下，戚继光被调回京城，协助处理军政事务。不久，他呈递了《请兵破虏四事疏》，阐述了对边防的看法，请求获得十万大军，以平定边疆。尽管朝廷内部对任用戚继光守边意见不一，他最初被任命为神机营副将，但在谭纶的建议下，朝廷调集三万步兵和三千浙江兵，交由戚继光训练。
隆庆二年（1568年），穆宗接受了谭纶的推荐，任命戚继光总理蓟州、昌平、保定、辽东四镇练兵事务，地位与四镇总督相当，总兵官以下皆受其节制。为了便于统一指挥，朝廷将原总兵郭琥调离，专任戚继光为总兵官，镇守蓟州、永平、山海等地。次年，因平定吴平之功，戚继光被晋封为右都督。
到任蓟州后，戚继光多次上疏，分析边防问题，强调练兵的重要性。他提出的募新兵、专事权等建议得到了谭纶、高拱、张居正的支持，也获得了穆宗的批准。在戚继光的推动下，蓟州防区被划分为十二路，建立了东西协守制度，设立了七座车营，实现了车、马、步兵的协同训练。此外，戚继光还亲自督率十二路兵马，对边防进行了详细的考察，提出并实施了三千座空心台的建造计划，以增强长城东段的防御能力。
在边军的训练和改革方面，戚继光同样倾注了