场上与张璁等人相左,还在具体事件中展现了他的正直与公正。当锦衣卫聂能迁因攻击张璁而面临生命危险时,杨一清出手相救,阻止了张璁的报复行动,这一举动无疑加剧了双方的对立。张璁因此怀恨在心,上疏诋毁杨一清,导致杨一清不得不上疏请求致仕。虽然明世宗试图调和双方的矛盾,但随着“大礼议”相关争议的持续发酵,桂萼的入阁使得朝局更加动荡不安。给事中王准、陆粲的举报让张璁、桂萼暂时离阁,但这只是风暴的前奏。
霍韬作为张璁、桂萼的党羽,利用这一时机,诬陷杨一清接受张永兄弟的贿赂,撰写墓志铭等,企图将其彻底拉下马。面对这些莫须有的指控,杨一清虽尽力辩解,但明世宗在各方压力下,态度逐渐动摇。最终,张璁的反复上疏,以及霍韬的持续攻击,使得明世宗决定让杨一清致仕,尽管表面上仍赐予金币以示尊重,但实质上意味着杨一清的政治生涯就此黯然结束。
杨一清的悲剧并未因离职而告终。第二年,张璁等人继续编织罪名,诬陷杨一清与朱继宗等人的关系,称其接受了张永弟弟的贿赂,企图将他牵连入狱。面对如此无端的迫害,杨一清心灰意冷,最终因背部长疮恶化而去世,死前留下遗书,却未能亲眼见到冤屈得雪。直到数年后,杨一清的名誉才得以恢复,追赠太保,谥号文襄,算是对这位历经两朝、功勋卓着却晚节不保的老臣的一丝慰藉。杨一清的遭遇,不仅是个人悲剧,也是明代中期政治斗争残酷性的缩影。