第二道屏障是“暗维度规则屏障”，屏障会不断释放“反维度规则”，试图逆转防御队的能量结构与维度形态。玄空大师与源初时空者合作，布下“源初维度稳定阵”，用源初规则抵消反维度规则的影响；量子主则释放量子能量，在屏障周围形成一道“量子维度缓冲带”，降低屏障的规则强度。超维度主抓住机会，凝聚超维度能量，将第二道屏障撕裂一道通道，防御队顺利通过。
第三道屏障是“暗维度意识屏障”，屏障会释放出强烈的“反意识波动”，摧毁队员的意识。林婉儿释放超验生命能量，通过超维度通讯网传递到所有队员的意识中，形成一道“生命意识屏障”；灵能宇宙的灵能者则释放灵能脉冲，中和反意识波动。在双重保护下，队员们的意识丝毫未受影响，防御队轻松突破第三道屏障，抵达暗维度深渊。
暗维度深渊是一片由暗维度能量构成的“无底深渊”，深渊底部闪烁着黑色的光芒，正是暗维度核心的位置。核心周围，悬浮着十道由暗维度能量构成的“暗维度长老”，他们是暗维度文明的最高统治者，掌握着最强大的暗维度力量。
“外来者，你们以为突破三道屏障就能摧毁暗维度核心？简直是痴心妄想！”为首的暗维度长老发出刺耳的嘶吼，十道长老同时释放暗维度能量，在深渊上方形成一道巨型“暗维度能量漩涡”，漩涡中蕴含的能量足以摧毁整个防御队。
赵家麟立刻让“全域号”释放所有超维度能量，与暗维度能量漩涡对抗；超维度主则带领超维度使者，布下“超维度平衡阵”，试图中和漩涡的能量；量子主、晶簇主、镜像主等人则带领各自的部队，牵制暗维度长老的攻击，为“全域号”争取时间。
“暗维度核心的能量正在不断注入漩涡，若不切断能量来源，我们无法抵挡太久！”林婉儿通过超验生命能量感知到，暗维度核心与漩涡之间存在着十道“能量连接通道”，正是长老们在操控通道传输能量。她立刻带领一支精英小队，驾驶小型登陆舰，朝着能量连接通道飞去，试图切断通道。
小队在飞行过程中，遭到暗维度长老的猛烈攻击，多艘登陆舰被暗维度能量击中，瞬间解体。林婉儿释放超验生命能量，在小队周围形成一道生命护罩，抵挡攻击；同时让镜像族的队员制造镜像登陆舰，迷惑长老的视线。小队抓住机会，突破长老的封锁，抵达能量连接通道处，用晶簇能量刃切断了通道。
随着能量连接通道的切断，暗维度能量漩涡的能量输出大幅减弱。赵家麟抓住机会，下令“全域号”凝聚所有超维度能量与多元平衡能量，形成一道“多元维度平衡炮”，对准暗维度能量漩涡发射。能量炮击中漩涡的瞬间，黑色的漩涡被淡金色的能量逐渐中和，最终化为无害的维度粒子。
失去漩涡的保护，暗维度长老暴露在防御队的攻击范围内。防御队的所有战舰同时开火，超维度能量、量子能量、晶簇能量等多种能量交织在一起，形成一道彩色的能量网，将长老们困在其中。长老们试图释放暗维度能量突围，却被能量网牢牢束缚，最终在能量的侵蚀下化为暗维度粒子。
解决暗维度长老后，防御队朝着暗维度核心发起最后的攻击。暗维度核心的表面覆盖着一层厚厚的暗维度外壳，常规攻击无法突破。超维度主释放超维度核心的能量，在外壳上打开一道裂缝；赵家麟则带领核心攻击队，驾驶登陆舰冲进裂缝，进入暗维度核心的内部。
核心内部是一片由暗维度能量构成的“反维度空间”，空间中心悬浮着一颗黑色的“暗维度奇点”，正是暗维度能量的源头。赵家麟与林婉儿同时释放超维度平衡能量与超验生命能量，在奇点周围构建一道“多元平衡场”，逐渐中和奇点的暗维度能量。
暗维度奇点感受到威胁，释放出最后的暗维度能量，试图将赵家麟与林婉儿吞噬。但多元平衡场的能量不断增强，暗维度能量被逐渐压制。赵家麟运转混沌与“秩序”平衡境的力量，将多元平衡能量凝聚成一道能量针，注入暗维度奇点。奇点被击中的瞬间，黑色的能量开始剧烈波动，随后逐渐消散，暗维度核心也随之崩塌。
随着暗维度核心的毁灭，暗维度领域的暗维度能量开始快速消退，原本黑色的空间逐渐恢复正常的维度形态。防御队趁机撤离暗维度领域，返回超维度领域。超维度主与跨宇宙平衡联盟的成员早已在超维度圣殿等候，他们释放超维度能量与多元平衡能量，为防御队的队员净化残留的暗维度毒素，修复受损的战舰。
“你们成功了！暗维度文明的威胁已彻底解除，多元宇宙的维度平衡网也恢复了稳定！”超维度主的意识中满是喜悦，“暗维度领域的消失，让多元宇宙的维度结构更加稳定，未来，我们再也不用担心反维度力量的侵蚀。”
赵家麟看着逐渐恢复平静的超维度领域，心中满是欣慰。但他知道，多元宇宙的平