第二关“能量掌控”的试炼场地是源初混沌海的“能量风暴区”。这里的源初能量形成了无数道狂暴的能量风暴，风暴中夹杂着源初规则的碎片，能轻易撕裂任何防御系统。试炼要求他们在能量风暴中收集十颗“源初能量珠”，并将其注入源初核心的子核心中，激活子核心的能量。
“全域号”在能量风暴区中艰难航行。源初能量防御系统不断受到风暴的冲击，护罩表面出现了多处裂痕；源初共生种子释放的共生能量也在快速消耗，藤蔓的颜色逐渐变浅。赵家麟下令将本源平衡能量与源初能量融合，形成“源初平衡能量”，注入防御系统，修复受损的护罩；林婉儿则释放超验生命能量，滋养源初共生种子，维持共生能量的输出。
玄空大师通过时空稳定阵锁定源初能量珠的位置，星尘主释放星尘能量，在能量风暴中开辟出临时的安全区域；暗渊则驾驶小型登陆舰，穿梭于风暴之间，收集源初能量珠。经过一个时辰的努力，十颗源初能量珠全部收集完毕，众人将其注入源初核心的子核心，子核心瞬间爆发出淡白色的光芒，能量风暴的强度也随之减弱。
“你们已掌握源初能量的掌控方法，通过第二关试炼。”源初守护者的声音再次响起，“第三关‘文明共生’的试炼，将考验你们能否在源初规则的基础上，构建出包容所有宇宙文明的共生体系。试炼场地位于源初领域的‘文明幻境’，你们将进入幻境，体验不同文明在极端环境下的生存状态，找到让所有文明共生的平衡之道。”
进入文明幻境后，赵家麟等人发现自己身处一个“冲突宇宙”——这个宇宙的两个主要文明“光翼文明”与“暗甲文明”因理念不同，已爆发了数万年的战争。光翼文明崇尚“能量净化”，试图将所有能量转化为纯粹的光能；暗甲文明则主张“能量吞噬”，通过吸收其他文明的能量壮大自身。战争导致宇宙的本源能量不断枯竭，规则结构也出现了严重的崩坏。
“要通过试炼，就必须让光翼文明与暗甲文明停止战争，实现共生。”林婉儿通过意识屏障感知两个文明的核心诉求，“光翼文明担心暗甲文明的吞噬会导致宇宙能量失衡，暗甲文明则认为光翼文明的净化会限制自身发展，两者的矛盾根源在于对‘能量平衡’的认知不同。”
赵家麟分别与光翼文明的首领“光翼主”和暗甲文明的首领“暗甲主”沟通，向他们阐述跨宇宙平衡联盟的理念，以及源初规则中“能量循环共生”的本质。他提出，将光翼文明的“光能净化技术”与暗甲文明的“能量吞噬技术”结合，构建“能量循环体系”——光翼文明净化后的光能为暗甲文明提供稳定的能量来源，暗甲文明吸收能量后产生的“能量残渣”则由光翼文明进一步净化，形成良性循环。
为了证明方案的可行性，赵家麟用源初平衡能量构建了一个小型的能量循环模型。模型中，光能与暗甲能量相互转化、相互补充，不仅没有出现失衡，反而产生了更稳定的平衡能量。光翼主与暗甲主看到模型后，终于放下了对彼此的戒备，同意停止战争，共同构建能量循环体系。
当两个文明签订和平协议的瞬间，文明幻境开始消散，赵家麟等人回到了源初圣殿。源初核心爆发出耀眼的淡白色光芒，源初规则的碎片围绕着众人旋转，最终融入他们的意识中——他们成功通过了源初试炼，获得了源初规则的传承。
“你们已证明自己有能力驾驭源初规则，维护跨宇宙的平衡。”源初守护者传递出欣慰的意识，“从今日起，跨宇宙平衡联盟将成为源初规则的传承者，负责将源初规则传播到超本源之海的每一个角落，构建‘源初-超本源-跨宇宙’三级平衡网络。源初文明也将重新活跃，与你们共同应对未来的跨宇宙平衡危机。”
源初守护者将源初核心的控制权交付给赵家麟，同时赠予了“源初平衡法典”——这部法典记录了源初规则的所有细节，以及构建三级平衡网络的方法。随后，源初文明的成员开始协助赵家麟等人，将源初规则与跨宇宙平衡体系结合，完善跨宇宙平衡公约，升级跨宇宙平衡网络的能量与规则传输系统。
在源初文明的帮助下，跨宇宙平衡联盟的实力大幅提升。三级平衡网络的构建让超本源之海的平衡能量传输效率提升了千倍，各个宇宙的规则结构也得到了源初规则的加固，抵御外部威胁的能力显着增强。越来越多的宇宙文明通过源初规则的指引，找到了适合自身的平衡发展道路，跨宇宙平衡联盟的成员数量在短短一年内突破了百个，覆盖了超本源之海的三分之二区域。
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赵家麟与林婉儿则继续带领“全域号”，驾驶着融合了源初、超本源、超源、超验、超限、超维六重能量的飞船，穿梭于源初领域与超本源之海之间，监督三级平衡