他出身西晋皇族，是司马懿的曾孙、琅邪武王司马伷之孙、琅邪恭王司马觐之子。
在西晋末年天下大乱、中原陆沉的历史洪流中，司马睿携北方士族渡江南下，于江东之地重建晋室，开创了东晋一百零三年的基业，虽在位期间受制于门阀势力，却为华夏文明的延续于南方地区的开发奠定了重要基础。
司马睿的皇族身份，在西晋宗室中并非核心一脉。
其曾祖父司马懿是西晋的奠基人，祖父司马伷在西晋建立后被封为琅邪王，受封于琅邪国（今山东临沂一带），父亲司马觐袭爵琅邪王，官至冗从仆射。
公元276年，司马睿生于洛阳，彼时西晋正处于“太康之治”的尾声，表面承平，实则暗流涌动。
作为皇族远支，司马睿自幼并未得到太多重视，史载其“沈敏有度量，不显灼然之迹”，性格深沉内敛，不事张扬，这种特质在日后的乱世中成为他保全自身、凝聚力量的重要资本。
少年时期的司马睿，曾经历过一次关乎生死的考验。
西晋咸宁二年（276年）出生后，他幼年丧父，由叔父司马繇抚养。
晋惠帝时期，八王之乱爆发，宗室骨肉相残，政局动荡不安。
司马睿因与东安王司马繇关系密切，在司马繇被成都王司马颖诛杀后，受到牵连，被迫逃离洛阳，潜回琅邪国。
这段流亡经历让他深刻体会到政治斗争的残酷，也磨练了他隐忍克制的性格。
在琅邪国期间，他低调行事，广结贤才，尤其与琅邪王氏的王导结下深厚情谊。
王导出身名门，极具谋略与声望，他看出司马睿虽为远支皇族，却有帝王之姿，主动倾心辅佐，成为司马睿日后创业的核心谋臣。
西晋末年，朝政被赵王司马伦、齐王司马冏等藩王轮番掌控，战乱频仍，民不聊生。
司马睿深知洛阳乃是非之地，琅邪国亦难以长久安身，遂与王导商议，谋划南迁。
此时的司马睿，虽无直接掌控朝政的权力，却凭借皇族身份和王导的辅佐，逐渐积累起一定的政治资本，为日后渡江立业埋下伏笔。
西晋永嘉五年（311年），匈奴贵族刘曜率军攻破洛阳，俘虏晋怀帝，焚烧宫室，屠杀宗室百官，史称“永嘉之乱”。
中原地区陷入前所未有的浩劫，“洛京倾覆，中州士女避乱江左者十六七”，大批北方士族、百姓被迫逃离故土，向南迁徙。
正是在这一历史背景下，司马睿在王导、王敦兄弟的辅佐下，率领琅邪国军队及部分北方士族，渡过长江，抵达建邺（后改称建康，今江苏南京），开启了“衣冠南渡”的新篇章。
初到江东时，司马睿面临着巨大的困境。
江东地区自三国孙吴以来，形成了以顾、陆、朱、张为首的本土士族集团，他们根深蒂固，对北方南迁的“伧父”（江东士族对北方人的蔑称）抱有强烈的排斥心理。
司马睿作为外来的皇族，在江东毫无根基，起初并未得到本土士族的认可，“吴人不附，居月余，士庶莫有至者”，处境十分尴尬。
关键时刻，王导展现出卓越的政治智慧。
他深知要在江东立足，必须拉拢本土士族，同时彰显司马睿的皇族权威。
于是，在三月初三上巳节这一天，王导精心策划了一场“出游盛典”：司马睿乘坐华丽的肩舆，王导、王敦等北方士族领袖骑马随从，队伍浩浩荡荡，礼仪隆重。
江东士族顾荣、纪瞻等人见状，深受震动，意识到司马睿并非等闲之辈，北方士族集团亦实力雄厚，于是纷纷前来拜见。
王导趁机劝说司马睿“宾礼故老，存问风俗，虚己倾心，以招俊乂”，司马睿采纳其建议，任命顾荣为安东将军府司马、纪瞻为军咨祭酒，对江东士族加以重用。
与此同时，王导又积极安抚南迁的北方士族，将他们安置在京畿地区，设立“侨州郡县”，保障其政治、经济权益，化解了南北士族之间的矛盾。
在王导的斡旋与谋划下，司马睿逐渐得到了江东士族与北方侨姓士族的共同支持。
永嘉七年（313年），晋怀帝被刘聪杀害，秦王司马邺在长安即位，是为晋愍帝。
晋愍帝任命司马睿为左丞相、大都督陕东诸军事，命其率军北伐，收复中原。
但此时的司马睿正专注于稳定江东局势，无力大规模北伐，仅派少量军队象征性地北上，并未取得实质性进展。
建兴四年（316年），刘曜攻破长安，俘虏晋愍帝，西晋灭亡。
西晋灭亡后，重建晋室的重任落在了司马睿肩上。
建武元年（317年），在王导、王敦等士族领袖的拥戴下，司马睿在建康称晋王，建立临时政权，设置百官，延续晋朝宗庙祭祀。
次年，晋愍帝遇害的消息传到