此乃继朱元璋之后的又一次全国性土地清丈。
朱元璋时期的那次大清丈，与“赋役黄册”相配套，编造了“鱼鳞图册”，为明代田赋征收奠定了基本框架。
然而，至明中叶以后，“鱼鳞图册”已面目全非，赋役征派日益不均，国家赋税收入日减，“私室日富，公室日贫，国匮民穷”，田亩清丈势在必行。
与明代其他重要经济改革相同，此次清丈亦首先自东南沿海地区发起。
万历六年（1578 年）十一月，朱翊钧下令在福建试点。
其核心问题在于改变有田者不纳税粮、无田者苦于赔纳的怪象，使田亩与税粮挂钩。
由于朱翊钧态度坚决，张居正指导有方，坚决排除阻力，试点工作进展顺利。
万历八年（1580 年）九月，福建清丈田粮工作完成后。
神宗与张居正顺时而动，乘胜追击，即刻下令全国清丈。
户部奉旨就清丈范围、职责、政策、方法、费用、期限等制定八项规定，同年十一月下发各地。
至万历十年（1582 年）十二月，各省均按三年之期基本完成，总计新增一百四十余万顷。
部分地区还重新编造了“鱼鳞图册”。
此乃明代田制与赋制的又一次综合整治，成效显着。
然其不足之处在于，部分地区为“求亩多”，不实事求是，采用小弓丈量，导致新的“虚额”出现，加重了小民负担。
自张居正死后，朱翊钧开始通过向各地征收矿税银的方式，增加内库的内帑。
在此以前，内库主要收入为金花银，即依靠南直隶地区的田赋。
不过内库所有收支最终仍由户部负责，并对皇帝的使用进行严格的干预和管理。
矿税银除补贴内帑用于宫廷膳食以外，更多则用于国家开支，尤其是边镇用钱。
如万历二十年（1592年）十一月初四日，甘肃巡抚田乐上疏，因河西地区边疆用兵需数十万钱粮，请拨内帑，朱翊钧批复同意。
万历二十七年（1599年）十二月十二日，户部因京师库银减少，边饷告急，请神宗拨内帑，朱翊钧虽然责怪户部未提前做好库银储备，并且不要因为有内帑而有恃无恐，但仍迅速拨发内府库银救急。
万历三十一年（1603年）四月，户部更是因北部边疆兵饷告急，请拨内帑百万两，朱翊钧最顾及边情，所以同意照数拨用。
另外，含矿税银的内帑也用于国家救灾，如万历二十二年（1594年）三月初九日，因河南饥荒，拨内帑三万三千两用于赈灾。
然而，矿监税使的存在却引发了当地社会的动荡和冲突。
其中具有代表性的事例，便是“高淮乱辽”和“杨荣乱滇”。
正因如此，矿税政策遭到了许多人的反对。
万历三十年（1602 年）二月，神宗患病，召见辅臣沈一贯等人，下令废除矿税。
东南百姓闻此消息，欢呼雀跃。
但不久之后，神宗便反悔了，收回成命。
此后，多名官员谏言废除矿税，神宗均未采纳。
万历四十六年（1618 年），辽东战争爆发，明朝的库府已是空虚无银，难以应对。
当时大臣合议，安排辽东的防务需军费百万，但因资金难以筹措，朱翊钧只准许拨给十万，且要延迟发放。
明廷多方筹措军饷，以满足战争所需。
五个月后，明廷决议除贵州外全国每亩加征田赋三厘五毫，后又加征三厘五毫。
万历四十八年（1620 年）再次增加二厘。
连续三年先后三次增赋，合计九厘，共得银五百二十万两。
此项加派成为固定赋税，被称为“辽饷”。
学校乃是培养士子的基地，关系到人才的培养。
为了培育新的人才，万历二年（1574 年），神宗下令吏部严格选用提学官。
万历年间，西方传教士如潮水般涌入华夏大地，传播基督教，中西文化如**般迅速交融。
万历二十八年十二月二十二日（1601 年 1 月 25 日），利玛窦觐见了朱翊钧。
他向朱翊钧进呈了自鸣钟、圣经、《万国图志》、大西洋琴等宝物，赢得了朱翊钧的信任。
利玛窦还将封面烫金、装订精美的地图集《地球大观》送给朱翊钧，告诉他，从这本地图集上，可以看到他从西方来到中国的艰辛旅程。
同年，朱翊钧下诏允许利玛窦等人长居北京。
此后，利玛窦在北京凭借着丰富的东西方学识，结交了众多中国的士大夫。
他常常与宾客谈论天主、灵魂等话题。同时，他还编撰了新书，包括用中文写成的《二十五言》等，赢得了不少中国知识分子的尊重。
在这些人当中，最着名的当属主持