五月，方贤又下了西厂狱。
大学士商辂、尚书项忠等人上书朱见深请求废置西厂，朱见深采纳他们的建议。
六月，罢免项忠为民，又复设西厂。不久商辂也辞官。
成化十八年（1482年）正月，朱见深下旨废置西厂。
成化十九年（1483年）七月，蒙古小王子进犯重镇大同。
成化二十二年（1486年）七月，蒙古小王子又进犯甘州，甘州指挥姚英等人战死。
十一月，安南侵略占城，占城王子古来逃入明朝。
宪宗在位二十三年，长期不召见大臣，处决政事均经内宦。
晚年传旨多倚太监怀恩、覃吉。
覃吉曾在东宫，侍太子读书。
两宦在朝中均有美誉，皇后王氏遇事淡然。
宫廷诸事多倚万贵妃统领。
万贵妃待内宦宫婢甚严，宦官每有流言中伤，诸多失实。
万贵妃父万贵，秉性醇谨，每告诫子侄安分自守。
万贵死后，子万喜进都指挥同知，恃势骄横贪婪，交结内宦梁芳等以贡物为名谋赏邀利，恶名扬于朝外。
成化二十三年（1487年）正月，万贵妃病死。
据说因怒挞宫婢后，痰涌而死。
传说宪宗郊祭回宫，知贵妃死，悲叹说：“万侍长去了，我亦将去矣。”
宪宗的哀叹，当不仅是私情的眷恋，而还由于失去了一个内决政事的宫廷辅佐。
七月，封皇子朱佑杬为兴王，朱佑棆为岐王，朱佑槟为益王，朱佑楎为衡王，朱佑枟为雍王。
这年八月，宪宗病死，年四十一岁。
遗诏太子佑樘即帝位，九月，上尊谥，庙号宪宗，葬茂陵。
在国家治理上：朱见深即位后，平反了于谦冤狱，恢复了于谦之子的官职。
又不顾明景帝曾废掉自己的太子之位，以德报怨，恢复景帝帝号，追谥“恭仁康定景皇帝”，重修景帝之陵寝，博得了朝野的一片称颂之声。
朱见深任用李贤为少保、华盖殿大学士，阁臣之中还有彭时、商辂等人，可谓是人才济济，朝政也比较清明。
由于名相的辅佐，加之上述的一系列措施，朱见深在即位之初还是以明君的形象出现的。
荆襄流民是元代以来困扰中央政府的一个大难题。
荆襄流民主要集中在今天的郧县地区。该地万山环绕，又处于湖广、陕西、河南三省交界处，在元、明时是一个三不管地区。
每当灾荒、战乱，这一带常常聚集近百万的流民。
成化年间对流民的重视和安置，是因刘通、石龙起义而起。
朝廷在镇压了农民起义之后，任命原杰安抚流民，并设置了郧阳府，将流民用户籍的形式固定在当地，又设置了郧阳抚治。
西厂始立于成化十三年（1477年）。
设立的地点就在西城灵济宫前面的一家灰厂内。
西厂正式成立后，汪直借用锦衣卫中的力量，在全国范围内展开了他的特务网络。
西厂的特务人数，在当时比东厂要多出一倍。
东厂的太监尚铭，也不得不俯首听命于汪直。
因此，西厂气焰非常嚣张，成立的当年就连兴大狱，逮捕了郎中武清、乐章、太医院院判蒋宗武、行人张廷纲、浙江布政使刘福、左通政方贤。
明代各省的左、右布政使是从二品，品秩相当高。
然而西厂却可以不经皇帝同意就擅自抄捕。
这种情形让当时的大学士商辂、兵部尚书项忠忍无可忍。商辂向宪宗建议，撤销西厂，主要的理由就是擅抄没三品以上京官。
但是，同年六月，商辂和项忠就先后被罢免，西厂又恢复了。
这一恢复，就一直到成化十八年（1482年）汪直失宠以后撤销为止。
总共计来，西厂在成化朝的历史上存在了五年零几个月。
成化朝的西厂，一方面是扩大了明代特务的职能与侦察范围，侦察的地点不限于都城、地方，而遍及南北边腹各地，这是此前的东厂所没有的。
另一方面，宪宗之设西厂，无疑加强了皇帝对于特务组织的偏爱心理。
后来的武宗，也就是宪宗的孙子，就效仿他祖父的做法，非但重建西厂，又增设了内行厂。
特务组织的存在，使原本属于厮役之流的旗尉，得以肆意凌辱大臣，也算是明代的创举了。
天顺八年（1464年），朱见深没收宦官曹吉祥在顺义的田地，设为“皇庄”。
后世学者考证则认为，明代皇庄始于永乐年间的黄垡皇庄， 不过，此时皇庄还是偶然的、个别的。
至天顺、成化以后，皇庄则渐次增多。
嘉靖初年曾在表面废止皇庄，改称官地，但不过是换汤不换