其次，明初的中书省下属吏、户、礼、兵、刑、工六部中，由于大量留用元朝的旧官吏，以及一些造反起家的功臣他们有恃无恐贪赃枉法，朱元璋对这些官员进行惩处。
第三，朱元璋利用残酷刑法处置贪官，采取“剥皮揎草”、挑筋、断指、断手、削膝盖等酷刑。
这种举措震慑了一批官员，使他们行为大为收敛。
第四，朱元璋对自己培养的官员决不姑息迁就。
为了培养和提拔新力量，朱元璋专门成立了培养人才的国子监，为没有入仕的年轻读书人提供升迁机会。
他对这些新科进士和监生厚爱有加，还经常教育他们要尽忠至公，不为私利所动。
第五，朱元璋制定整肃贪污的纲领《大诰》和《醒贪简要录》。
《大诰》一书是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中还阐述他对贪官态度、办案方法和处置手段等内容。
朱元璋下令全国广泛宣传这本书；他还叫人节选抄录贴在路边显眼处和凉亭内，让官员读后自律，让百姓学后对付贪官。
第六，允许民间百姓上访。明朝允许百姓扭送不法官吏。
如果官吏在征收税粮以及摊派差役作弊枉法，百姓可以向上级官吏举报，也可以直接扭送。
不仅如此，对于应当接访而没有接访处理的上级官员，亦要依法论处。
此外，朱元璋在午门外特设“鸣冤鼓”，民间百姓若有冤情在地方讨不回公道，可上京击鼓直接告御状。
朱元璋当政三十一年，先后发起6次大规模肃贪，杀掉贪官污吏15万人。
他“杀尽贪官”运动贯穿始终未减弱，但贪官现象始终未根除，晚年只能发出“朝治而暮犯，暮治而晨亦如之；尸未移而人为继踵，治愈重而犯愈多。”哀叹。
朱元璋是中国历史上勤政的皇帝之一，他从来不惮给自己增加工作量。
从登基到去世，他几乎没有休息过一天。
在遗诏中他说：“三十有一年，忧危积心，日勤不怠。”
在军事上，朱元璋废除了管理全**事的大都督府，将其分为中、左、前、后、右五军都督府，并和兵部互相牵制。
兵部有权颁发命令，但是不直接统率军队，都督府掌管军队的管理和训练，但是没有调遣军队的权力。这样，军权便集于皇帝之手。
朱元璋还确立了卫所制度，这是他模仿北魏隋唐的府兵制、又吸收元朝军制的某些内容而制定的。
明初朱元璋守御山河的方法，是以巩固自然天险为远猷。
对此明人颇为自诩，宣称“我国家驱逐胡元，混一寰宇，东至辽海，西至酒泉，延袤万里。中间渔阳、上谷、云中、朔、代，以至上郡、北地、灵武、皋兰、河西，山川联络，列镇屯兵，带甲四十万，据大险以制诸夷，全盛极矣”。
这一段话中虽全用秦汉旧名，但洪武朝卫所的全貌勾画得还是比较清楚。
洪武年间，朱元璋置亦集乃旧城、镇番卫、宁夏卫、者者口守御千户所、东胜卫、开平卫、大宁都司、安东卫、吉林船厂。
明军巡逻着“北去不拘几千里”的辽阔疆域。
朱元璋效仿元朝“朔方铁骑纷如蚁”、“西北广莫无一城，控弦百万长横行”的盛况，欲利用漠南养出肥美的牛羊及战马。
为此朱元璋推动北部卫所游牧化，漠南民众除了粮产区不许放牧外，漠南荒闲平地及山场，“听其牧放樵采”。
诸王敢有说是“自己草场山场者，其论非轻”，并叮嘱诸王要长远的牧养，要求军户有自己的牧群。
朱标死后，朱元璋以塞王代替国公。
十三塞王中佼佼者是被誉为“燕王善战，宁王善谋”的燕、宁二王。
朱棣出师即降故元太尉乃儿不花等人，被誉为“肃清沙漠者，燕王也，朕无北顾之忧矣。”
朱权“数会边镇诸侯，出师捕虏，肃清沙漠，威震北荒”，被誉为“一世之雄也。”
洪武末年，朱元璋下旨除郡王外，都是百姓。
明朝伊始，朱元璋实行了发展生产，与民休息的政策。
1368年，外地州县官进京，朱元璋对他们说：“天下初定，老百姓财力困乏，像刚会飞的鸟，不可拔它的羽毛；如同新栽的树，不可动摇它的根，重要的是休养生息”。
朱元璋还鼓励开垦荒地，1370年并下令：北方郡县荒芜田地，不限亩数，全部免三年租税。
他还采取强制手段，把人多地少地区的农民迁往地广人稀的地区；对于垦荒者，由政府供给耕牛、农具和种子；并规定免税三年，所垦之地归垦荒者所有；还规定，农民有田五至十亩的，必须栽种桑、棉、麻各半亩，有田十亩以上者加倍种植。
这些措施大大激发了农民垦荒的积极性。
除了民屯外，明初还有军屯和商屯。
军屯由卫所管理，官府提供耕牛和农具。明