元佑六年（1091年），他又被召回朝拟任吏部尚书，还没有到任。因为弟弟苏辙任尚书右丞，苏轼改任翰林承旨。不久即元佑六年八月，又因为政见不合，请求出任地方官，于是以龙图阁学士出知颍州。
元佑七年（1092年）二月，任扬州知州。没过一年，朝廷以兵部尚书的职务召苏轼入京，兼任侍读。
这一年，宋哲宗到南郊祭祀，苏轼为卤簿使，导驾进入太庙。
有赭伞犊车并青盖犊车十余辆争道，没有避让皇帝的仪仗。
苏轼使御营巡检使去调查原因，原来是皇后及大长公主的车队。
当时，御史中丞李之纯是皇家仪仗使，苏轼要他上奏皇帝，但李之纯怕得罪皇后与大长公主，不敢说。
苏轼就在车中向哲宗上奏此事，哲宗把奏书派人送给太皇太后处理。
第二天，朝廷下诏书整肃仪仗队伍，从皇后而下都不许迎接谒见。
不久苏轼任礼部尚书，兼端明殿学士、翰林侍读学士。
元佑八年（1093年）九月，任定州知州。
是年高太后去世，哲宗执政，新党再度执政。
绍圣元年（1094年）六月，贬为宁远军节度副使，再次被贬至惠州。
绍圣四年（1097年），年已六十二岁的苏轼被一叶孤舟送到了徼边荒凉之地海南岛儋州。
据说在宋朝，放逐海南是仅比满门抄斩罪轻一等的处罚。
他把儋州当成了自己的第二故乡，“我本儋耳氏，寄生西蜀州”。
他在这里办学堂，介学风，以致许多人不远千里，追至儋州，从苏轼学。
在宋代一百多年里，海南从没有人进士及第。
但苏轼北归不久，这里的姜唐佐就举乡贡。
为此苏轼题诗：“沧海何曾断地脉，珠崖从此破天荒。”
人们一直把苏轼看作是儋州文化的开拓者、播种人，对他怀有深深的崇敬。
在儋州流传下来的东坡村、东坡井、东坡田、东坡路、东坡桥、东坡帽等等，表达了人们的缅怀之情，连语言都有一种“东坡话”。
宋徽宗即位后，苏轼相继被调为廉州安置、舒州团练副使、永州安置。
元符三年四月（1100年），朝廷颁行大赦，苏轼复任朝奉郎。
北归途中，苏轼于建中靖国元年七月二十八日（1101年8月24日）在常州）逝世，享年六十六岁。
苏轼留下遗嘱葬汝州郏城县钧台乡上瑞里。
次年，其子苏过遵嘱将父亲灵柩运至郏城县安葬。
宋高宗即位后，追赠苏轼为太师；宋孝宗时，追谥“文忠”。
苏轼对社会的看法和对人生的思考都毫无掩饰地表现在其文学作品中，其中又以诗歌最为淋漓酣畅。
在二千七百多首苏诗中，干预社会现实和思考人生的题材十分突出。
苏轼对社会现实中种种不合理的现象抱着“一肚皮不入时宜”的态度，始终把批判现实作为诗歌的重要主题。
更可贵的是，苏轼对社会的批判并未局限于新政，也未局限于眼前，他对封建社会中由来已久的弊政、陋习进行抨击，体现出更深沉的批判意识。
苏轼一生宦海浮沉，奔走四方，生活阅历极为丰富。
他善于从人生遭遇中总结经验，也善于从客观事物中见出规律。
在他眼中，极平常的生活内容和自然景物都蕴含着深刻的道理，如《题西林壁》和《和子由渑池怀旧》两诗。
在这些诗中，自然现象已上升为哲理，人生的感受也已转化为理性的反思。
尤为难能可贵的是，诗中的哲理是通过生动、鲜明的艺术意象自然而然地表达出来，而不是经过逻辑推导或议论分析所得。
苏轼极具灵心慧眼，所以到处都能发现妙理新意。
深刻的人生思考使苏轼对沉浮荣辱持有冷静、旷达的态度，这在苏诗中有充分的体现。
苏轼在逆境中的诗篇当然含有痛苦、愤懑、消沉的一面，但苏轼更多的诗则表现了对苦难的傲视和对痛苦的超越。
苏轼学博才高，对诗歌艺术技巧的掌握达到了得心应手的纯熟境界，并以翻新出奇的精神对待艺术规范，纵意所如，触手成春。而且苏诗的表现能力是惊人的，在苏轼笔下几乎没有不能入诗的题材。
以“元佑”诗坛为代表的北宋后期是宋诗的鼎盛时期，苏轼与王安石、黄庭坚、陈师道等人的创作将宋诗艺术推向了高峰。
就风格个性的突出、鲜明而言，王、黄、陈三家也许比苏轼诗更引人注目。
然而论创作成就，则苏轼无疑是北宋诗坛上第一大家。
在题材的广泛、形式的多样和情思内蕴的深厚这几个维度上，苏诗都是出类拔萃的。
更重要的是，苏轼具有较强的艺术兼容性，他在理论上和创作中都不把某一种风格推到定于一尊的地位。