故事中，北宋年东京汴梁，书生赵行德进京赶考。殿试的时候，考试题目是《平边策》。可怜赵行德什么时候去过塞外，也不知道国外的情形，只胡乱写了篇文章对付了事。
结果自然是名落孙山，他在准备卷铺盖回家的时候，路过菜市场，发现有位胖大屠夫把一个西夏女人捆再肉案上买，说是三文钱一斤，你们看上哪块就切哪块。
说着话，就提起砍刀剁下了西夏女人一条胳膊。
那女人却怪，既不哭也不喊，就那么躺着，似乎已经接受了命运的安排。
赵行德心中不忍，花大价钱，买下女人，让她自行离去。
女人也是硬气，捡起被砍掉的胳膊，然后将一张纸片塞赵行德手中，说这是她的身契，也就是西夏的户口，乃是自己身上唯一的东西。
赵行德一看，竟全是不认识的文字。他这才知道在河西走廊竟然有一个叫大夏的国家，竟然也创立了和大宋一样的华服文章。
想起殿试时考卷的题目，赵行德忽然对那个遥远的国家产生了浓厚的兴趣。于是，家也不回了，准备去河西走走，学习西夏文字。
在路过戈壁滩的时候，他被西夏大将军，故事里的男二号朱王礼抓了丁，成为朱将军麾下的文书，获得了绝对信任。
朱王礼正在攻打西域的一个小国家，他答应等战争结束就推荐赵行德去西夏翰林院学习西夏文。
战争开始，小国都城陷落，赵行德救了那个国家的公主，偷偷滴把她藏在城中，二人产生了爱情。
但这个时候，去西夏翰林院学习的日子到了。赵行德向爱人承诺，他只去两个月，等学成就回来接她去大宋。
但等赵行德去了西夏都城，他很快沉浸在知识的海洋里，一学就学了两年。
这时候，他又接到长官和最好的朋友朱王礼的来信，说西夏在皇帝李元昊的带领下，要攻打北宋在河西走廊最后一个据点敦煌，他的部队是前锋，让赵行德尽快归队。
赵行德这才想起自己和公主的约定，急匆匆赶去。
他很快和朱王礼的部队在当时那个小国的都城门口见面了，与此同时，李元昊也到了，站在城墙上接见诸将士，并介绍他的新王妃给大家认识。
这个时候，赵行德才发现那个新王妃竟然是自己当初的爱人。
王妃显然也发现了城下的赵行德，突然朝前一扑，像一只大鸟般从城上摔下来。
赵行德什么都明白了，当夜，他愤怒地和朱王礼厮打，说，是你，是你把公主交给了李元昊，是你！
是的，其实朱王礼早就发现了赵行德藏在城中的公主。在赵行德离开后，他和公主也产生了爱情，并且在一起生活了两年。但是，消息却传到了李元昊那里，公主被抢走了。
朱王礼对赵行德说，我们都失去了自己最挂念的人，要报仇，杀李元昊。
于是，二人就设计说服了宋朝敦煌的太守假装投降，诱李元昊进成，然后伏兵四出，击杀此獠。
可惜，在伏击过程中出了纰漏，李元昊嗅到危险，在最后关头逃跑。
那么，只能野战了。
朱王礼部的力量微小，如何是李元昊主力的对手，这注定是一场有去无回的战斗。
朱王礼说，自从公主死后，他也没打算活着。
而赵行德则和太守一起，将敦煌城里所有的文物典籍都运出去藏在莫高窟里，免得毁于兵火。
故事的最后，朱王礼全军覆没，敦煌城燃起熊熊烈火。赵行德倒在月牙泉边，头浸在水里。水中，有一群小鱼游来游去。
这就是两种文明，不，其实西夏文明也是汉文明的一个分支，在一千多年的沙洲，在河西走廊剧烈的碰撞。
这就是《敦煌》的故事。
井上靖忽然拉住孙朝阳的手：“三石，其实，这次来中国，我也想见见你。《敦煌》是我三十年前的作品，也是我平生最得意的一击。当年我在写这部作品的是时候，是抱着一生悬命的态度去写的，但还是很不满意。为什么不满意呢，我不知道，直到看到三石君你。我假设了敦煌文学敦煌艺术的来龙，却没有告诉世人去脉。而你，则帮助我完成了这个愿望。”
“我读过你的《文化苦旅》，读了你的《道士塔》，我几乎是哽咽着看完的。”
井上靖眼睛里闪烁着泪光：“来龙去脉，一头一尾，那边是我，这边是你，三石君，咱们的作品合在一起，恰如文学意志的薪水传承。三石君，你会是个伟大的作家。答应我，请继续伟大下去吧。”
他站起来，一鞠躬：“这大概是我最后一次中国之行，无憾矣。谢谢，谢谢！”
孙朝阳也郑重地一鞠躬：“不敢辞，请期待我的活跃。”
酒会结束，孙朝阳跟何情从酒店出来，这才抓了抓脑袋，喃喃道：“不对，不对。”
何情好奇地问：“怎么不对了？”
孙朝阳：“小日子说话太夸张，什么都朝大的