就在王天相还在与大汉军拼命作战的时候，包括贝勒尚善、将军蔡天文、汤致远和莫克多在内的六千多名满汉旗兵精锐，竟然趁着夜色，乘坐水师游击阮美的船只，悄悄地离开了双岛，顺利返回到登州城。
虽然贝勒尚善这次主持的军事行动没有完成既定的战略目标，但是调动了大汉军的水师北上，斩杀了大量的“蓼匪中的多名积年老匪”；
清廷因而认为尽管丢失了所有的绿营人马，但是保留下来精锐的满汉旗兵，功过相抵，不奖不罚，带着蔡天文、汤致远和莫克多等人留在胶东，休整一个月后，参与围攻芝罘岛的战役。
清军这边的轻描淡写，与大汉军方面的仔细检讨形成了鲜明的对比。
大汉军在击退入侵的清军后，痛定思痛，首先为战死的军民们举行了集体葬礼，让所有死者早日入土为安，组织公祭仪式进行祭奠；
再对有功之臣进行奖励，提拔安拉木的长子安守忠为长岛防御使；
吕祥启就任东江防御使，原东江防御使贾得胜转任金州府守备；
赵西文升任辽宁省都指挥佥事，仍驻金州；
赵铜继任为旅顺民团千总；
对于所有直接参与金、旅保卫战的文武官员，当年的年俸增加三成；
对于叛徒王天相及其追随者铁杆分子八十九人进行了公审，决定判处王天相及其追随者全部凌迟处死；
大汉国主母陈利芸对于大量满清精锐的突然消失感到不解，命令保卫局进行秘密调查，经过一番调查竟然发现是水师第二十一营游击阮述念及与清军天津水师游击阮美的旧情，私自将清军放跑，拟将阮述判处死刑。
并派人将上述情况告知张鹿安批准。
身在南京城中的张鹿安，回信同意相关人员的官职任命和奖励措施，指示立刻对王天相及其追随者执行死刑，将俘虏的万余名清军俘虏全部贬为奴隶，以儆效尤；
但对于放跑敌人的阮述，张鹿安却网开一面，认为阮家只是在迫不得已的情况下才向满清投降，他们之前为大明流过了大量的鲜血，且阮述刚刚加入大汉军不久，不忘旧情，情有可原，从后期的招抚角度考虑，下令将阮述贬官一级，继续充任水师第二十一营的主官，让他戴罪立功。
同时要求旅顺兵工厂进行人员调整，补充一定新鲜血液，并将陈利昭调往旅顺担任兵工厂的总管，全面负责指挥兵工厂内部各个分厂的生产活动，安抚人心，加强创新研发工作。
为了巩固金、旅一带的安全，张鹿安还下令调任张全为双岛参将，率领从陕西带回来的精锐骑兵两千余人驻扎双岛一带，加强旅顺的机动兵力布置；
为了增强海面的防御力度，调新成立的顾国栋的水师第五协以旅顺港为母港，子港为砣矶岛和广鹿岛，加强长岛县和长海县的防御工作。
让奥布库和苏勒贺两协骑兵作为机动兵力，留在辽宁听令。
升任陈利宝为登州总兵官一职，负责保卫长岛群岛、芝罘岛（包括附属的崆峒岛一带）的安全，将将领令狐云湘调到江南听令。
做好这些准备后，张鹿安方才心安。
正好之前派往夔东一带的李静从荆州城传回来消息，声称夔东的局势变得更加恶劣，继马腾云、党守素、塔天宝三元老投降以后，郝摇旗和袁宗第二位重要义军首领被清军俘杀，失去了他们俩约束的部下将领们开始放飞自我。
其中郝摇旗部下总兵罗茂同、马进玉、王之炳、张大盛、武自强向清国四川总督李国英投降；
袁宗第部下总兵邓秉志、杨洵和冯启凤三将率领三万余军民也向清军湖广提督董学礼投降；
李国英和董学礼两部再次合击陈家坡，皖国公刘体纯所部大败，部下总兵锁彦龙、吴之奇、王加玉、李之翠、刘应昌、胡君贵、田守一、王之礼率军民数万人投降清军。
皖国公刘体纯所部人马所剩无几。
即使如此，刘体纯还是誓死不降，情急之下只好选择带领全家人自焚，但是为紧急赶到的李静所阻止，李静带着情报局行动队人马拼死苦战，才将刘体纯一家护送到茅麓山李来亨大营。
清廷为了彻底消灭“茅麓山之寇”，协调西面的四川兵马、北面的陕西兵马和东、南面的湖广兵马，特地从京城抽调瓜尔佳.穆里玛为靖西将军、以马佳.图海为定西将军，并且趁着大汉军退出陕西境内，抽调陕西提督王一正所部五万人、增加四川提督郑蛟麟和川北总兵官谭洪两部合击一万人，参与进攻茅麓山之役。
至此，但凡不是傻瓜，都能看得出来，穆里玛和图海这是来“摘桃子”来了。
穆里玛是清廷负责军事战略的内大臣鳌拜的亲弟弟，现职为满洲镶黄旗都统，位高权重，但是在此之前很少有特别漂亮的战绩；
穆里玛的副手图海为满洲正黄旗都统、弘文院大学士，可谓一位文武全才，属于顺治皇帝留给康熙皇帝的重要大臣，顺治皇帝生前打