命令，从会议结束的时候发出去了。
“第二东京市下达A-801命令，废除特务机关NERV的特殊法律保护，以及将其指挥权转交给日本政府！”
提前蛰伏在第三东京市的自战队收到了命令，开始了军事行动，军车、战机和步兵全面向NERV本部进发。
与此同时，身处指挥室的冬月副司令，被俘虏了。
由于停电的缘故，基地内部的安保系统无法使用，所有剩余的电量都供给了mAGI和最终教条区。
而mAGI，掌控着NERV本部的一切事务，连第三新东京市的政务都是mAGI在处理，掌控mAGI就相当于掌控NERV和第三新东京市。
“律子，你背叛了吗？”冬月被人用枪指着后背，举起了双手。
“抱歉，副司令。”律子身边站着美里和加持：“我果然还是喜欢这边的世界，而且我不想再被那个人束缚了.”
冬月没再回话，只是和其他俘虏一起，戴上了手铐，蹲到了墙角去。
EVA无法使用，总部停电，mAGI的指令被修改，他们根本没有反抗的空间。
“原本以为只是一个能干的年轻人，最后竟然做到了这种程度，真的想不到啊.”冬月注视伊恩的脸。
“多谢副司令的夸奖。”伊恩微微躬身。
冬月深深地看了伊恩一眼，仿佛要把这张脸烙印在心底。
自战队迅速抵达了第三新东京市，内有接应，外无防备，停电的NERV本部不过是一个大号仓库。
在自战队的帮助下，很快，他们就兵不血刃地占领了NERV。
之后，自战队恢复了NERV本部的一部分供电，勉强让地下都市的生命维持系统重新工作起来。
但如此巨大的动静，也引起了SEELE的关注。
他们安插在日本的势力，迅速将情况告知了他们。
魂之座再次亮起，老人们怒不可遏。
“连黑之月都被占领了！”
“我提议对mAGI发起攻击，不能让他们这么简单就得到NERV！”
“可是现在才到第九个使者，莉莉丝契约还没有完成。”
“朗努基斯之枪还在我们手上。”Keel议长低沉地说：“人造使徒和量产机的制作也到最终阶段了，不要惊慌。”
“我们要做的，便是安静地等待审判之时。”
“异端也不想引发第三次冲击，那便借他们的手完成契约，之后，再完成我等之夙愿。”
Keel议长一出口，老人们再次安静下来。
“那便安静等待审判之时。”
SEELE很不想这么做，但是当前的状况下，他们没有别的选择了。
他们向回归的碇源堂发起了通讯，碇源堂回收了朗努基斯之枪，正坐着回去的船，准备把枪带回NERV。
“什么！本部被占领！”碇源堂罕见地失态了。
“你把圣枪带到德国去，在那里等待指示。”SEELE对碇源堂说。
碇源堂沉默了良久，但也只能不情愿地答道：“是。”
通讯挂断了，他紧捏拳头，狠狠地锤了一下甲板上的栏杆，但这丝毫不能缓解他心中的怒意。
他长久以来的布局，全部都毁于一旦了。
都是那个人，他和那个人没有过什么交流，只是简单地见过几面。
他一直把SEELE当成自己最大的对手，却没想过会被突然冒出来的那个人，阻碍到这种程度。
NERV本部被日本政府控制了，NERV的旧员工们，全部被捕。
不过对于第三新东京市的居民们来说，倒没感觉到特别大的变化。
使徒和过去一样被歼灭了，只是留下来的破坏痕迹，拖了好一段时间才有人回来修复。
过去这些修复工作的资金，都是SEELE旗下的组织在出，但是现如今，日本和SEELE摊牌了，加持良治暂时离开了第三新东京市，他和政府一起，在国际社会上宣传与第二次冲击的真相，争取拉拢盟友和资金。
“虽然你想让我来当新司令，但是你也看到了，我现在脱不开身。”加持良治在电话里和伊恩通话：“我们和SEELE已经进入冷战了，他们没有对我们的举动有特别大的表示，也没有站出来发声，但我们不可能再从他们那里获得任何的资金和支援了。”
“相比EVA，日本政府更愿意信任你，如果使徒再次来袭的话，他们希望你能出击，也就是让你成为NERV本部的新司令，你可以调动周边的军队和资源，来歼灭使徒，我是来征求你的想法的，你愿不愿接受这个职位？”
“这样么”伊恩琢磨了一下。
原本他对司令没什么想法，但现在好像的确也没有合适的人选了。
反正使徒始终是要全部消灭的，这一点避不开。
“我明白