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李克用接书看了，知道时机已至，便与北起军使陈景思商议，共起步骑兵一万七千，前往京师长安。
仲冬十一月，前军探马来报，大军已至河中渭滨。李克用即令安营下寨，以度残冬。
三军厉兵秣马欢度元旦新年，转眼便至来年正月，是为唐僖宗中和三年。
李克用传令出兵河中，屯兵于乾坑，先派人前至王重荣营中，约会攻打长安。
三年正月，又是初春。李克用率兵进至沙苑，先轻松击败黄揆。
逃兵还至长安，黄巢军诸将皆大为惊恐，相互传说道：鸦儿军至矣，我等奈何！
二月，沙陀兵向前推进，再次告捷，在石堤谷击败齐军将领黄邺。
李克用复令乘胜大进，三月初至于良田坡。鸦儿军大出风头，一场激战，大败赵璋、尚让十数万大军，横尸遍野，流血三十余里；又在零口再挫黄巢援军，进军渭桥。
袖手旁观之各镇勤王之师看出便宜，于是齐头并进开往长安，聚于渭河北岸。
黄巢见前方节节败退，城内粮食也将吃光，便阴为遁计，发兵三万搤守蓝田道，为撤离长安做好准备。
四月，诸镇兵马从四面八方会集京师，李克用与河中、忠武镇将率先出战。黄巢率大军于渭桥迎战，一日三战，连战失利，其他诸道兵也乘机发起攻击，齐军终至大败。
十四日，李克用率先乘胜追击，从光泰门进城，与齐军激战于望春宫升阳殿。
黄巢军只得复又败退出城，向南逃到蓝田。
此时齐军尚有十五万之众，黄巢扬言东奔徐州，却经蓝田关进入商山。大将孟楷断后，以辎重珍货遗弃于路，于是官军争先拾取财物，不再追击，故黄巢得脱。
长安沦陷三年之后，终被唐军收复，李克用沙陀兵军功居首。
唐僖宗闻报，大喜若狂，急命使节至长安传诏，任命李克用为检校司空、同中书门下平章事、河东节度使，又封其父李国昌为雁门以北行营节度使。
可惜李国昌难受此厚报，受封未及半载，便即去世。
十一月，李克用回军，派其弟李克修攻打昭义节度使孟方立，顺手夺下泽、潞二州。
黄巢率军退出长安，由蓝田关向南攻入蔡州。
唐蔡州节度使秦宗权不敢抵敌，望帜开城投降。黄巢轻取蔡州，于是进围陈州。
朱温时被唐廷升为汴州节度使虚职，率军顺势进入汴州，就任刺史及节度史之职。从此便以汴州宣武军作为大本营，招募勇士，以壮实力。
陈州刺史赵犨闻说黄巢兵至，率引兵民顽强抵抗，大小数百战，其城始终不克。
黄巢正在烦恼之际，忽接长安败军来报：大将孟楷在蓝田完成断后重任，率余部挺进河南途中，至于项城，中了赵犨埋伏，不幸牺牲遇难。
黄巢闻知孟楷遇害，望天大哭终日，恨道：不杀赵犨，誓不为人！
遂率部屯于溵水，对陈州掘堑五重，百道攻之。又在城北立宫室百司，以为持久之计。
与此同时，唐廷亦在不断调动军队，加强围剿齐军。汴州刺史朱全忠加东面招讨使，感化军节度使时溥为东面兵马都统，各路平叛镇军皆向陈州步步逼近，力压而至。
当年十二月，陈州向邻道求救。忠武镇周岌与时溥、朱全忠等皆率兵前来救援，齐军不觉中已陷重围。
当时中原赤地千里，为应付全军粮食，黄巢命以人肉为粮糗，造数百巨锤，同时开工，以为供应军粮人肉作坊。
于是陈州之地无论男女老幼，悉数被齐兵纳入巨舂，称之为“捣磨寨”，皆充作军粮，日食两千余人。黄巢自围陈州近三百日，啖食民众数十万人，在人类史上，绝无仅有。
中和四年正月，周岌等诸路救兵均被义军打败，只得同向河东节度使李克用求救。
二月，李克用率兵五万前来增援，会同许、汴、徐、兖等州军马向陈州进发，自河中南渡，先击败太康尚让军，又击败西华黄邺军。
黄巢只得从陈州撤军，退至陈州北故阳里。
五月连日大雨，平地水深三尺，黄巢军营为水所漂，遂奔汴州。
自中牟北汴河王满渡口渡河时，李克用乘势袭击，义军大败，死伤万余人。
黄巢手下李谠、葛从周、杨能、霍存、张归霸、张归厚、张归弁等投降汴州刺史朱温，剩余残部向东北逃亡，又遇李克用于封丘狙击。
时遭大雨，黄巢集散兵近千人奔兖州，转战山东。李克用粮尽不追，引军复还。
尚让率万余人投降武宁节度使时溥，别将李谠等人投降朱全忠。
时溥派李师悦率兵万人，随尚让紧追黄巢至瑕丘。
黄巢部众殆尽，走至泰山狼虎谷襄王村，拔剑自杀，其弟黄邺、黄揆亦各自尽。
外甥林言持黄巢等人首级欲向时