燕王心中虽然暴怒，但想到李景隆毕竟是开门迎降自己的大功臣，也还要为安抚投降的百官做表率，于是也缓和了面容道：“曹国公起来吧，这事也怨不得你，你且先负责好南京城防，该抓的抓，勿要走了一个奸臣！”李景隆连忙领命而去。
接下来，便是群臣和朱棣上演劝进和谦辞的传统戏码了，从六月十四日开始的三日里，群臣三次劝燕王朱棣登基即位，而燕王则三次推辞谢绝，直到六月十七才接受了劝进，再次拜谒朱元璋陵寝告慰后举行大典登基为帝，待要颁发圣旨，却遍寻不着传国玉玺，在知道传国玉玺被建文帝交给了黄观带走之后，燕王更加愤怒，一旦建文帝和黄观汇合，有了玉玺，他就可以颁布圣旨兴兵讨逆啊。
于是燕王下令废除了原先的玉玺，重新刻制了一枚新的传国玉玺，并且把没有应召上殿称臣的文武大臣们全都抓了起来，而原先被建文帝贬斥的官员则一律重新启用。谁知这一下，却召了个可怕的魔头回来，这人便是两年前因为和燕王通书信被发现后贬斥广西的陈瑛，朱棣登基后便找回他做了都察院的左副都御史，随着他的到来，很多官员的命运开始不一样了。
而且朱棣还废除了建文帝的所有改革措施，取消了对江南地区的赋税优待，废止了建文帝对朝廷制度的改变，所有的一切都恢复到朱元璋后期的状况，就这样，建文帝和大臣们辛苦四年的新政改革化为乌有，特别是对皇族子孙的限制被废除后，所有的皇族子孙一出生便享有特权占有大量田产，随着皇族子孙越来越多，这样的情况也越来越严重，最后整个皇族光生活开销每年居然就要消耗掉一半的国家税赋，这不得不是朱棣给大明留下的巨大隐患。
而数十个文武大臣极其家眷们被抓起来看押，等待他们的，将是整个中国历史上最可怕的杀戮和虐待。但也偏偏就是这些文武大臣极其妻子儿女们，却体现出了华夏民族最血性最无畏最忠贞的一面。
话当六月十三日晚间，徐神影护送着从密道直接来到南京城外的建文帝和朱文奎来到浦口军营时，徐辉祖简直不敢相信这是真的。固若金汤的南京城居然连一都没有守住？！他还等着汇合黄观的援军后杀回南京城下围歼燕王的。
在听堂伯徐神影讲述完了一切之后，徐辉祖当即表示：“陛下，臣这就护送您去长江上游与黄大人汇合，再传檄下讨贼便是。”建文帝却心灰意冷的摇摇头道：“不，不去了，如兰她只想朕和奎儿好好活着，这下，朕也不要了，就让与四叔吧。”
徐辉祖大急道：“陛下不可轻言放弃啊，那逆贼虽然占了南京，可长江上游和江南、湖广、西南、辽东都还在我们手上，更有铁弦镇守的坚城济南和徐州，只要陛下与黄大人汇合，而后顺江而下到济南与铁弦汇合，再召回游击于京口的盛庸将军，还有驸马都尉梅殷的四十万淮安大军，只要有我们几人和这几十万大军，这场战局的胜负还未可知啊！”
其实徐辉祖的并非都是宽慰建文帝的虚话，之前南军各自为战，确实容易给了燕王各个击破的机会，如果真能实现徐辉祖所的战略转移后各部汇合一起，集中兵力，上有建文帝亲自坐镇，统兵的又是徐辉祖、盛庸、铁弦和梅殷四饶话，那届时就将强弱易位，变成燕王弱势了，一旦战局有变，各地守军将纷纷再度倒戈，虽然丢掉了南京城，但情势其实真的并不算太糟糕。
只可惜，马皇后在眼前惨死对建文帝的打击实在太大了，这个年仅二十五岁，又一直养尊处优一直高高在上被捧着惯着的皇帝，根本接受不了这个自己连妻子都无法保护的现实，只见他依旧浑浑噩噩的道：“不了，不打了，朕不想打了，魏国公若是不怪朕杀了你弟弟，就将朕和奎儿送到江南去吧。”
徐辉祖焦急的喊了一声：“陛下，臣的弟弟确实论罪当诛，臣如何会怪罪陛下，陛下此时应该振作才是，既然已经逃出升，就该与那逆贼周旋到底，夺回先帝留给陛下的江山社稷才是啊！”可建文帝却不为所动的只是摇头落泪。
徐神影看这样下去也不是办法，只能劝道：“辉祖，陛下刚刚经历的丧妻失子之痛，就先容他缓两日再吧，你此时逼他也没有用，或许等陛下睡醒一觉就重新振作起来了。”徐辉祖无奈的长叹一声道：“好吧，在那逆贼登基称帝前，陛下还能登高一呼正本清源的号召下勤王，一旦那逆贼在南京拜谒先帝陵寝后再登基，那时就算陛下再想振作，也失去了先机，陛下好好想想吧。”
就这样，建文帝在徐辉祖的军营里呆了一，两，三，四，可每日里还是一言不发，浑浑噩噩的毫无振作的迹象，而且还越来越颓丧，直到徐辉祖得到南京传来的消息，燕王已经举行燎基大典正式继皇帝位，并且废除了建文帝的皇帝身份和年号，将这四年全部改为沿用洪武年号，所有忠于建文帝的大臣也都被抓了起来。
徐辉祖痛心疾首的跑到建文帝面前跪下道：“陛下，