十二月十四日，清军前锋已过开城，仁祖终于定去邠之议，安排金瑬之子金庆征李敏求等护送世子嫔姜氏和凤林麟坪两大君以及庙社神主先行出发。

    史称其时上下皇皇，罔知所为，都城士大夫扶老携幼，哭声载路。

    未时，仁祖及昭显世子等出发前往江华岛，刚到崇礼门，就听说清军前锋已抵达汉城西郊。朝鲜训练都监李兴业率领的80多人的小股骑兵被清军击败。

    吏曹判书崔鸣吉请求去清营周旋，仁祖同意。崔鸣吉和都承旨李景稷便设宴欢迎马福塔劳萨等。仁祖一行趁机转进，汉城南四十里的南汉山城。

    翌日清晨，仁祖在金瑬等人的劝说下打算从南汉山城前往江华岛。然而风雪甚紧，一路颠仆，被迫折返南汉山城。

    其后仁祖担心中途被清军俘虏，听从南汉山城守御使李时白的建议，不再考虑逃往江华岛，决定死守南汉山城。

    南汉山城防守部署是：

    训练大将申景禛，负责东城望月台。

    总戎使具宏，负责南城。

    守御使李时白，负责西城。

    军器寺提调李曙，负责北城。

    十二月十五日，崔鸣吉从清营回来，转告了马福塔等提出的王弟与大臣为人质的议和条件。于是仁祖派远房王族李偁冒充王弟刑曹判书沈諿作为大臣前往清营。

    清军逼问两人是否是真王弟真大臣时，沈諿不敢回答，遂被清军识破。朝鲜使臣朴兰英坚称二人为真，为清军所杀，清军扬言必须送出世子才能议和。

    十二月十七日，仁祖派左议政洪瑞凤户曹判书金荩国都承旨李景稷前往清营，清方还是坚持必须世子出来当人质，仁祖本有意答应。

    但遭到礼曹判书金尚宪驸马东阳尉申翊圣和台谏两司为首的斥和派官员的坚决反对而未果，双方首次交涉就此破裂。

    十二月十六日，皇太极紧接着派遣的多铎岳托等人所率部队与马福塔会师，初步包围南汉山城，立栅困之。

    仁祖面对这种局面痛心疾首，曾哭着对群臣说：三百年血诚事大，受恩深重，而逢废朝时所未有之事，诸卿诸卿，此何为哉？居人君之位行人君之事者，今十四年矣。岂料终归犬羊禽兽也哉？诸卿诸卿，奈何奈何！

    十二月十八日，仁祖出行宫南门，颁布教书，宣布君臣上下，同守一城，和议已绝，唯有战耳，正式确立了战守的方针。

    其后他拒绝了清军使者的和谈要求，并主张趁清军尚未完成包围之际宜一番决战。

    从十二月十八日至二十九日，朝鲜军屡次出城作战。

    初七日，清军战胜朝鲜全罗忠清两道援军，南汉山城势穷情迫，称臣请罪。

    皇太极要求严惩朝鲜挑起衅端的大臣，同时造船发兵攻入江华岛，获朝鲜王妃王子及阁臣等人。

    三十日，李倧亲至皇太极面前伏地请罪，史称丁丑下城。举行受降仪式后，当即留下其长子及次子为质，其余被俘妻子家口二百余人遣送还京。

    二月初二日，皇太极自朝鲜班师。从此清朝代替明朝把朝鲜变成了藩属。朝鲜对清朝由以前的兄弟之称，更执藩臣之礼。

    不久阿济格领兵攻克皮岛，斩明将沈世魁等，彻底解除了攻向关内的后顾之忧