当时的风水师便采用将宫殿中轴东移，使元大都宫殿原中轴落西，处于风水上的白虎位置，加以克煞前朝残余王气。
凿掉原中轴线上的御道盘龙石，废掉周桥，建设人工景山。这样，主山（景山）宫穴（紫禁城）朝案山（永定门外的大台山燕墩）的风水格局又重新形成了。
北京风水格局的内局，更为细致，以南京故宫为蓝本营建的北京故宫，延续了南京故宫的星宿布局，成为星辰之都。
古代将天空中央分为太微紫微天帝三垣。紫微垣为中央之中，是天帝所居处。明朝将皇宫定名为紫禁城。当时的建筑师把紫禁城中最大的奉天殿（后名太和殿）布置在中央，供皇帝所用。
奉天殿华盖殿（中和殿）谨身殿（保和殿）象征天阙三垣。三大殿下设三层台阶，象征太微垣下的三台星。以上是前廷，属阳。以偶阴奇阳的数理，阳区有前三殿三朝五门之制，阴区有六宫六寝格局。
后寝部分属阴，全按紫微垣布局。中央是乾清坤宁交泰三宫，左右是东西六宫，总计是十五宫，合于紫微垣十五星之数。
而乾清门至丹阶之间，两侧盘龙六个列柱，象征天上河神星至紫微宫之间的阁道六星。午门在前，上置五城楼又称五凤楼，为阳中之阴。
内庭的乾清宫为皇帝寝宫，与皇后坤宁宫相对，在寝区中的乾阳，为阴中之阳。太和殿与乾清宫，虽同属阳，但地理有别。
太和殿以三层汉白玉高台托起，前广场内明堂壮阔。而乾清宫的前庭院，台基别致，前半为白石勾栏须弥座，后半为青砖台基，形成独特的阴阳合德的和合。
北京城凸字形平面，外城为阳，设七个城门，为少阳之数。内城为阴，设九个城门，为老阳之数，内老外少，形成内主外从。
按八卦易理，老阳老阴可形成变卦，而少阳，少阴不变，内用九数为阴中之阳。内城南墙属乾阳，城门设三个，取象于天。
北门则设二，属坤阴，取象于地。皇城中央序列中布置五个门，取象于人。天地人三才齐备。全城宛如宇宙缩影。城市形数匹配，形同涵盖天。
还有五行思想。宫墙，殿柱用红色，红属火，属光明正大。屋顶用黄色，黄属土属中央，皇帝必居中。
皇宫东部屋顶用绿色，属东方木绿，属春，用于皇子居住。皇城北部的天一门，墙色用黑，北方属水，为黑。所有单体建筑，也因性质不同而选用了不同的颜色。
藏书的文渊阁，用黑瓦黑墙，黑为水，可克火，利于藏书。二层的文渊阁室内，上层为通间一大间，下层分隔为六间，体现天一生水，地六成之的《易经》思想。天安门至端门不栽树，意为南方属火。
建筑风水布局，还表现在名称上合于《易经》之理。南端的丽正门，合于离卦的卦辞日月丽乎天。
顺承门安贞门在北部后宫，合于坤卦至哉坤元，万物滋生，乃顺承天安贞之地，应地无疆。皇帝的乾清宫，皇后的坤宁宫，合于乾坤之义。不宜加木，木生火。
此外，在数理上，也合于易理。易卦阳为九，又以第五爻为飞龙在天称得位。皇帝称为九五之尊（而尚未即位的称为潜龙）。
在中轴线上的皇帝用房，都是阔九间，深五间，含九五之数。九龙壁九龙椅八十一个门钉（纵九，横九）大屋顶五条脊檐角兽饰九个。
九龙壁面由270块组成（含九），角楼结构九梁十八柱。为此，明代洪武三十五年又明文规定军民不许九五间数。九五为皇帝专用，成为一种规定。
故宫内总共房间数为99995间，亦隐喻九五之意。甚至在建筑细部装饰上，都处处含有风水布局，宫廷古建筑，高低错落，勾心斗角，为化解风水上的煞气，多取太极化解法（而很少用镇压法，反射法的暴逆制法）。
如梁柱之间的雀替，梁枋上的彩画，多以s形曲线表现，此形是太极的阴阳分界线，是太极图形象的抽象简化，是风水学中常用的化煞法，符合曲生吉，直生煞的风水观念。
故宫广用红色，红主火主明，符合光明正大的寓意，也符合易理和风水原理。
整个宫城位于内城中部偏南地区，周长六里一十六步，南北长960米，东西宽760米，面积072平方千米，为南北向的长方形。
宫城设置八门，南五门，即承天门端门午门左掖门右掖门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门。
宫城内压在中轴线上的有七座主要建筑物，以乾清门为分界，分为前后两部分，即前朝后庭。
前三殿为奉天殿（嘉靖四十一年改为皇极，清改为太和）华盖殿（同上改为中极，清改为中和）谨身殿（同上改为建极，清改为保和）。
后三殿为乾清宫交泰殿坤宁宫。宫城周围有护城河，宽达52米，称为御河。
皇城在宫城之外，周长十八里有奇，缺其西南角，南北长275千