原先兵部名称被废除，旧兵部改为枢密院，其主官为枢密使。
法部、吏部、工部、户部、农政部、外务部、内务部七部，为中书府下属机构。
枢密院、参谋院两院为中军府的下属机构。
吏部、工部、户部、参谋院四个司一级的行政部门是新设的部门。
吏部下设司封司、司勋司、考功司，掌管官吏的任免、考课、升降、勋封、调动等事务。
工部掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等事务，各地的工坊也归工司管理。
户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。
参谋部是新设立的部门，负责制定战略计划，以及军事训练等一系列的军事活动。
一人计短，二人计长。
从讲武堂毕业的优秀学员将会成为参谋部的见习参谋，
随后这些见习参谋会先进入军中，经历过数次战役之后，锻炼出了足够的实战经验之后，再调回参谋部中，作为一名正式参谋，参与制定各式各样的计划。
现在太平道的学童还没有广泛入学，学员不够，所以现在的参谋部多是一些黄巾军中资格比较老，经验较为丰富的将校，他们在战阵中负伤，已经不能够在战场上继续搏杀。
不过虽然如此，但是他们的头脑却依旧的清晰，前线作战的经验让他们不至于纸上谈兵，讲武堂的修习让他们可以将知识和实践相集合起来。
初平三年，十月一日，
太平道正式实行三府九部制。