3、根据元培学院的人才培养方案，新生入学后，理论上可以选全校开设的任何一门课程，想听什么就听什么，课程学习计划全由自己制定；从大二开始，学生可以根据自己的兴趣自由选择学习方向，理论上也不受限制。
“精神上的自由，学术上的自由，学习上的自由。”几乎所有学生在进入元培后，第一感受都是“自由”，但紧接着，多数人就会开始“迷茫”。
一名2004年入学的学生就曾在网上发表过一篇文章，抱怨元培的“自由制度”。比如，理应负责辅导学生选课、选专业的“导师制”发挥作用有限，事实上，元培04级的大一新生连一本院系课程计划都拿不到，必须跑去各院系教务部“蹭着看”。
比起这些琐事，选课的自由就成了更大的障碍—全校的课你都能听，但到底听什么。
在北大，本科课程计划主要分为两块专业课和通选课。一般而言，专业课难度胜过通选课一筹。按照设想，任何一个元培学生读大二、选定自己的专业方向后，之前选修的其他院系的课程都可替代通选课课程，修满学分即可毕业。