部队留匆匆撤入湖广。郭君镇被留在陕西，在清军的进攻下，他带领本部兵马，退入山中。十二月，汉中守将贺珍起兵反清，郭君镇在耀州举兵响应，“大破清兵于富平、合阳”，后攻三原不利，贺珍战败后，郭君镇退往邠州。

    永昌三年十二月，郭君镇与另一大顺军余部贺宏器联合，攻破甘肃宁州。永昌四年三月，清军从西安发八旗兵主力围剿，大军至，郭君镇领兵到三水县同清军决战，“列兵布阵，率众应敌”，激战后被清军流矢射中牺牲，其余部同王永强等部继续抗清，顺治六年{1649年}被吴三桂剿灭。