便是最高的权力机构，故而后来《明史》中才有了“南京以守备及参赞机务为要职”的说法。

    具体而言，参赞机务的设置是晚于守备的，最早应该是在正统初年才有。根据记载，宣德十年：“英宗即位，命少保、南京户部尚书黄福参赞机务。”

    明中期时，朝廷认为南京高层的权力还是过于集中，便于景泰三年增设协同守备一人，也以公、侯、伯等勋贵担任。按例，协同守备也会兼领五府事。

    成化时期，朝廷下旨令南京兵部尚书兼任参赞机务一职，此后形成定制。如此一来，南京兵部尚书的地位得以提高，位列南京六部之首。

    众所周知的例子是，在原历史上明朝灭亡前后，南京兵部尚书史可法被推举为南京首脑人物，原因无他，正是因为史可法兼着参赞机务的要职。

    明代皇帝对文官的态度比较奇怪，依赖的同时又用各种手段限制，信任的同时又非得找人制衡，这也正是宦官得以干预朝政的原因。